PADRONIZAÇÃO DA TÉCNICA DE EXTRAÇÃO DE DNA LIVRE DE CÉLULAS (CFDNA) DO PLASMA PELO MÉTODO COM TIOCIANATO DE GUANIDINA E SÍLICA

MILENE LUÍSA ACKISCH, ALESSANDRA KOEHLER, ARIANE DE SOUZA, SABINE ELISA JACKISCH, ALEXANDRE RIEGER

Resumo


A descoberta de um DNA circulante livre de células (Circulantig cell-free DNA - cfDNA) ocorreu em 1948 e a primeira hipótese de que ele pudesse ser usado como um preditor da oncogênese foi em 1965. O cfDNA tem origem das células que morrem, embora possam também ser de liberação ativa por alguns tipos celulares como na hematopoiese. Como as células tumorais sofrem um verdadeiro processo de seleção natural, aquelas que não sobrevivem acabam liberando o seu DNA para o meio circulatório aumentando significativamente a concentração de cfDNA à medida que a doença progride. Assim, num primeiro momento, o aumento de cfDNA no sangue serviria como um indicativo de aumento de morte celular associado ao processo de oncogênese, entretanto isso também acontece em outras situações como trauma, infarto e acidente vascular encefálico (AVE) nos quais também ocorre morte celular. O objetivo do nosso trabalho é padronizar a técnica de extração de cfDNA pelo método com Tiocianato de Guanidina e Sílica para posterior teste de integridade do cfDNA como um marcador do desenvolvimento de tumores e de metástases, remissão da doença e até mesmo para a previsão de tratamento. Para a metodologia da pesquisa, foram coletadas 4 amostras de sangue de pessoas saudáveis para os testes de extração. O sangue foi centrifugado a 1.300 g por 20 min a 10°C para a obtenção do plasma em até 2 horas após a coleta do sangue. Após, foi feita nova centrifugação do sobrenadante a 15.500 g por 10 min a 10°C, para minimizar qualquer contaminação por restos celulares. A extração de cfDNA pelo método com Tiocianato de Guanidina e Sílica, de acordo com o protocolo descrito por Boom et al. (1990), foi realizada com 4 amostras de plasma feitas em triplicatas. Em seguida foram alteradas as medidas de plasma para 4 volumes diferentes, 200µl, 400µl, 600µl e 800µl para a mesma proporção de solução de desnaturação/estabilização: GuSCN 5M + Tris HCl 0,1M, EDTA 0,02M, SDS 0,5%, DTT 10 g/L, respectivamente. Ainda foi alterado o tempo de incubação, a temperatura ambiente de 10min para 20min após a adição da solução de sílica e também o tampão de eluição foi adicionado aquecido a 42ºC. Após as extrações, as amostras foram quantificadas por espectrofotometria no Nanodrop 2000. Na primeira extração, seguindo o protocolo de Boom et al. (1990), as quantificações ficaram com rendimento de cfDNA abaixo do esperado, sendo a média das 12 amostras de 9,3ng/µl. A relação 260/280 não ficou dentro da medida ideal que seria entre 1,8-2 nm. Na extração com as alterações realizadas, houve maior rendimento em todas amostras, principalmente nas 3 amostras de 200µl de plasma que obtiveram média de 24,3ng/µl. Este aumento ocorreu devido ao aumento do tempo de incubação a temperatura ambiente após a adição da solução de sílica e do aquecimento do tampão de eluição, sendo inclusive determinante para o aumento do rendimento de cfDNA em todas as amostras, indiferente das quantidades de plasma. As alterações nas quantidades de plasma não influenciaram no aumento do rendimento.


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