As infecções do aparelho geniturinário podem ser identificadas baseadas na história clínica e exame físico apresentados pelo paciente. Entre as infecções do trato urinário (ITUs) estão as cistites, pielonefrites, bacteriúrias assintomáticas e uretrites. As infecções do trato genital (ITGs) incluem as vulvovaginites, vaginoses, cervicites, uretrites, doenças inflamatórias pélvicas, úlceras genitais e proctites. Uma nova proposta de metodologia analítica para o diagnóstico dessas patologias tem sido proposta: a espectroscopia no infravermelho com transformada de Fourier (FT-IR), que visa obter um modelo de quantificação de células viáveis à base de espectroscopia no infravermelho e, posteriormente, a associação com a microbiota específica. Dessa forma, torna-se possível obter uma nova ferramenta que simplifica o elevado conjunto de procedimentos que envolvem o processo de taxonomia diagnóstica das diferentes classes microbianas que acometem o aparelho geniturinário. Este trabalho tem como objetivo descrever a relevância na atenção primária das novas tecnologias à base de FT-IR para o diagnóstico de infecções geniturinárias relacionadas às mulheres. Trata-se de um estudo transversal, observacional e descritivo, realizado no Ambulatório de Ginecologia do Serviço Integrado de Saúde da Universidade de Santa Cruz do Sul. A participação na pesquisa esteve condicionada à assinatura de um Termo de Consentimento Livre e Esclarecido. As voluntárias tiveram de responder a um questionário aplicado por um pesquisador durante a consulta médica. As amostras de fluido vaginal foram recolhidas em tubos de ensaio com espátula de poliestireno estéreis e posteriormente foram analisadas pela técnica FT-IR. A amostra se constituiu de 25 pacientes, com idade variando de 18 a 64 anos, sendo a média 40,9 anos. Do total de atendimentos, 13 tiveram uma queixa específica, como corrimento vaginal, dor em baixo ventre, prurido vulvar e ardência urinária; os outros 12 foram classificados como revisão ginecológica. Ao exame físico, oito apresentaram corrimento de coloração branca e dois de coloração amarelo-esverdeado. Apenas seis pacientes apresentaram cultura positiva para Candida sp., sendo que, destas, duas não tinham quaisquer queixas geniturinárias à consulta. Desta maneira, esta metodologia auxilia no diagnóstico preciso da microbiota que causa as patologias do trato geniturinário de pacientes femininas, bem como podem servir de subsídio para a elaboração de kits comerciais para diagnóstico de ITUs e ITGs. Esses instrumentos permitem prever o número de células viáveis sem a necessidade do cultivo em placas, reduzindo custos, resíduos e tempo de análise, trazendo, desse modo, inovação para controle de qualidade do exame gerado.