A água é um dos temas de grande preocupação atualmente, devido a sua escassez e ao seu uso e preservação indevido pela sociedade, assim, monitoramentos da qualidade da água vêm se tornando cada vez mais importantes. Um método muito eficiente de monitoramento são amostras biológicas, e pesquisas científicas comprovam a grande eficiência de diatomáceas epilíticas como bioindicadoras. A Bacia do Arroio Andreas está localizada no município de Vera Cruz, RS, Brasil, e apresenta grande importância como fonte de consumo humano para a comunidade local. Ao longo desta bacia foram selecionados sete pontos de amostragem localizados em áreas de nascentes, onde foram coletadas trimestralmente amostras biológicas de diatomáceas epilíticas entre 2018 e 2019. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade da água desta bacia utilizando o Índice Trófico da Qualidade da Água (ITQA), publicado em 2015 para sistemas lóticos subtropicais e temperados brasileiros, e que tem como base a comunidade de diatomáceas epilíticas. Para as análises qualitativas e quantitativas, as amostras de algas diatomáceas foram raspadas de três rochas com cerca de 10 a 20 cm de diâmetro e fixadas com formalina. Com o material coletado foram preparadas lâminas permanentes para análise em microscópio óptico. Os resultados indicaram ocorrência de 38 táxons distribuídos em 21 gêneros, sendo que a qualidade da água variou de condições oligotróficas (contaminação desprezível) em um ponto de coleta (14,3%), até condições a-mesotróficas (contaminação forte), em dois pontos de coleta (28,6%). Estes altos níveis de contaminação podem ser atribuídos às espécies que foram abundantes, como Achnanthidium minutissimum (Kützing) Czarnecki, Achnanthidium exiguum var. constrictum (Grunow) N. A. Andresen, Stoermen & Kreis e Cocconeis lineata Ehrenberg, espécies que são classificadas na literatura como tendo uma tolerância intermediaria à eutrofização da água. Embora a pesquisa tenha sida realizada em áreas de nascentes, a ocorrência destas espécies poderia ser explicada considerando o uso destas áreas para fins agrícolas e criação de animais, comprometendo a estabilidade destes ecossistemas aquáticos em função do aporte significativo de fertilizantes e matéria orgânica, condição que caracteriza um processo de eutrofização.