Devido as altas demandas de recursos naturais necessárias para suprir as necessidades da população, procura-se meios sustentáveis e economicamente viáveis, os quais podem estar atrelados a biotecnologia. A biomassa contém recursos que são potencialmente renováveis e com a utilização correta da mesma pode-se gerar produtos ou subprodutos de alto valor agregado, proporcionando assim, um ganho ambiental e econômico. Um dos bioprodutos que apresenta grande potencial neste âmbito são os pigmentos naturais, os quais apresentam atividades biológicas benéficas, podendo atuar como antioxidante, anticancerígeno, anti-inflamatório, anti-obesidade e neuroprotetor. Considerando estes aspectos, o foco desta pesquisa foi analisar os pigmentos presentes em uma biomassa oriunda da biorremediação em um sistema Algal Turf Scrubber (ATS) em água de superfície local, de modo a desenvolver formas de aproveitamento destes pigmentos como bioprodutos. Devido à dificuldade de separação e identificação de pigmentos, optou-se por inicialmente otimizar a extração e a análise exploratória através de diferentes metodologias instrumentais. Para a extração dos pigmentos realizou-se a comparação com diferentes solventes: acetona:água (80:20 v/v); metanol 100%; metanol:água (80:20 v/v); etanol 100% e metanol:água (80:20 v/v). A análise e identificação dos pigmentos foi realizada através de métodos cromatográficos como a cromatografia em camada delgada (CCD), cromatografia em coluna normal e de alta eficiência (HPLC), espectroscopia de absorção no ultravioleta visível (UV-VIS) e fluorescência com varredura, a fim de explorar os extratos. Os resultados obtidos nas análises mostraram a composição dos pigmentos da biomassa estudada. Definiu-se que o melhor solvente de análise foi a acetona e que a análise por HPLC proporcionou uma melhor separação das moléculas presentes nas amostras analisadas. A partir da análise dos extratos por HPLC foi possível ainda estimar os possíveis pigmentos nos cromatogramas com base na comparação da sequência de retenção e dos espectros de UV-VIS encontrados para cada pico. A avaliação prévia da composição de pigmentos permitiu a identificação de classes fotossintéticas (clorofila a, epímero da clorofila a, feoftina a₁ e feoftina a₂), carotenos (diadinocromo e outros carotenoides) e xantofilas (violaxantina). O total de pigmentos obtidos em relação a biomassa seca foi de 1,6%.  A análise da biomassa residual do sistema ATS com diferentes métodos de extração e instrumentais, permitiu identificar pigmentos naturais de diferentes classes, os quais poderiam ser de alto interesse comercial, principalmente no setor alimentício, farmacêutico e de cosmetologia.