INTRODUÇÃO: O Papilomavírus humano (HPV) é um vírus DNA do grupo papovavírus, com mais de 120 tipos reconhecidos atualmente, dos quais 30 podem infectar o trato genital. Os tipos de alto risco oncogênico, quando associados a outros cofatores, têm relação com o desenvolvimento das neoplasias intraepiteliais e do câncer invasor do colo uterino, da vulva, da vagina e da região anal. A infecção pelo vírus HPV é a doença viral sexualmente transmissível (DST) mais frequente na população sexualmente ativa. E, estima-se que 75% desta mesma população entre em contato com um ou mais tipos de HPV durante sua vida. A maior incidência ocorre entre os 20 e 40 anos, que coincide com o pico de atividade sexual. No entanto, a maioria das mulheres infectadas apresenta a forma latente ou subclínica da doença, dificultando o diagnóstico e, consequentemente, favorecendo a transmissão. OBJETIVOS: Este estudo teve como objetivo realizar a pesquisa molecular do vírus HPV em amostras cérvico-vaginais de mulheres que realizam a coleta de papanicolaou pelo Serviço Integrado de Saúde da Universidade de Santa Cruz do Sul. MÉTODOS: Foram analisadas 86 amostras provenientes de coleta cérvico-vaginal de mulheres atendidas no SIS da UNISC, obtidas no período de março de 2013 a dezembro de 2013. As coletas ocorreram após assinatura de termo de consentimento por parte das pacientes. As amostras cérvico-vaginais para o exame molecular foram coletadas com auxílio de escovas endocervicais do tipo "cytobrush". O material clínico coletado foi acondicionado em frascos, contendo 1,5 ml de solução tampão T.E. (Tris-HCl10 mM pH 8,0; EDTA 1 mM) e estocado a -20°C até a posterior extração do DNA. Para a extração de DNA foi utilizado o método de digestão enzimática com proteinase K. A técnica de PCR, utilizada no presente trabalho baseou-se na utilização dos iniciadores consenso MY09: 5222 CGTCCMAARGGAWACTGATC 3222 e MY11: GCMCAGGGWCATAAYAATGG 3222, os quais amplificam especificamente 450pb do gene L1, que é a região mais conservada no genoma dos diferentes tipos de HPV, codificando uma proteína do capsídeo viral. Para a tipagem molecular foram realizadas adicionais reações de PCR para os subtipos HPV 16 e 18 da região E6. O produto da PCR foi visualizado com brometo de etídio após eletroforese em gel de agarose 1,5% sob a luz de Ultravioleta. RESULTADOS: Dentre as 86 amostras analisadas, 3,48% apresentaram células escamosas atípicas de significado indeterminado (ASCUS), detectadas na análise citopatológica. Na PCR, 5,8% (5/86) foram positivas para HPV, destas, 4 amostras deram negativas no exame citopatológico. O HPV 16 foi encontrado em uma amostra, indicando 1,16% e o HPV 18 não foi encontrado. No entanto, 4,6% das amostras positivas pela PCR, indicaram outros tipos virais na população estudada. CONCLUSÃO: Apesar das enormes possibilidades que nos oferece o exame de papanicolaou, a presença do HPV só pode ser irrefutavelmente definida com os métodos moleculares, entre os quais está a PCR, que detectam o DNA do vírus,de maneira mais eficiente e precisa, apresentando grandes vantagens sobre outros sistemas de detecção, pois consegue o diagnóstico precoce desta doença, bem como permite diagnosticá-la na sua forma latente, em que não apresenta lesões aparentes, com consequente prevenção do desenvolvimento de patologias malignas, em especial o câncer de colo de útero. Isso mostra a importância de se disponibilizar essas técnicas moleculares para o processo de decisão clínico.