Introdução: Atualmente, observa-se a presença de baixos níveis de aptidão física e elevados níveis de sobrepeso e obesidade na população infantojuvenil. Desse modo, é importante que professores de Educação Física realizem avaliações físicas para o diagnóstico de indicadores de saúde de seus alunos, com o propósito de melhorar o planejamento e as propostas das aulas, impactando em ganhos no repertório físico e motor e nas condições de saúde do aluno. Objetivo: comparar a aptidão física relacionada à saúde através dos testes do Projeto Esporte Brasil (PROESP-BR), entre escolares do sexo masculino e feminino dos anos iniciais, de uma escola estadual de Santa Cruz do Sul-RS. Método: os escolares participantes da pesquisa são 161 estudantes do Projeto PIBID-UNISC, tratando-se de 77 do sexo masculino e 84 do sexo feminino, com idade entre 6 e 12 anos, de uma escola de periferia urbana do município de Santa Cruz do Sul-RS. Para a realização da avaliação de aptidão física relacionada à saúde, foram realizados os testes de resistência abdominal e aptidão cardiorrespiratória (APCR) propostos pelo Projeto Esporte Brasil (PROESP, 2016) e o teste de flexibilidade (PROESP, 2009). Já o índice de massa corporal (IMC) foi classificado pelas curvas de percentis da Organização Mundial da Saúde (WHO, 2007). Para a análise dos dados, foi utilizado a estatística descritiva (média, desvio padrão e percentuais) pelo programa SPSS 23.0. Foram considerados significativos os valores de p<0,05. Resultados: o presente estudo constatou que, em relação ao IMC, 39,7% dos escolares do sexo masculino encontram-se em zona de risco à saúde, tanto no sobrepeso, quanto na obesidade, enquanto que no sexo feminino 41,7%. No teste de flexibilidade, observou-se que 44,4% dos meninos e 23,8% das meninas foram classificados como indicadores de risco à saúde. Porém, no teste de resistência abdominal, 13,5% do sexo masculino e 31,4% do sexo feminino estão na zona de risco à saúde. No teste de APCR, 81,9% do sexo masculino e 79,8% do sexo feminino estão na zona de risco à saúde. Observou-se que houve diferença significativa para os testes de flexibilidade (p<0,006) e de resistência abdominal (p<0,018) entre os sexos. Considerações Finais: através do estudo de aptidão física relacionada à saúde, foram observados altos níveis de sobrepeso e obesidade. Contudo, encontramos uma grande diferenciação de resultados entre o sexo masculino e feminino nos testes de flexibilidade, em que as meninas tiveram melhores resultados. Já no teste de resistência abdominal, os meninos apresentaram melhor desempenho. Deste modo, os professores de Educação Física podem elaborar uma aula para mudar a situação atual desses alunos, de forma em que os valores de riscos sejam revertidos.