Introdução: O Programa de Gerenciamento de Antimicrobianos (PGA) constitui-se uma ferramenta para o uso racional de antimicrobianos, aumentando a segurança do paciente e reduzindo a resistência antimicrobiana. No entanto, os hospitais podem apresentar dificuldades quanto à sua implementação. Objetivo: Identificar os desafios da implementação do PGA em Unidades de Terapia Intensiva Adulto de hospitais da Região Sul do Brasil. Método: Pesquisa quantitativa, prospectiva e transversal, com abordagem multicêntrica. Coletou-se dados entre outubro de 2022 e janeiro de 2023, mediante questionário online, disponibilizado no site da Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA) e preenchido de forma voluntária pelos hospitais. Foram analisadas variáveis demográficas, incluindo dados hospitalares, a presença ou ausência de PGA e barreiras para a não implementação. Analisou-se os dados por meio de estatística descritiva. Resultados: O número de hospitais participantes foi de 248, destes 45% não possuíam o PGA, sendo 41% do Paraná, 31% de Santa Catarina e 28% do Rio Grande do Sul. Dentre esses, 78% são de administração privada e 22% públicos. As principais barreiras identificadas incluíram a insuficiência de profissionais para a implementação do PGA (57%); falta de apoio de outras áreas do hospital (27%); limitação de tecnologia (21%) e a ausência de profissionais com expertise técnica (20%). Considerações finais: O número de hospitais sem PGA na Região Sul mostra-se expressivo e apresenta desafios relevantes na sua implementação. No entanto, os mesmos são fundamentais no combate à resistência microbiana, reforçando a necessidade de superação desses obstáculos.