A racionalidade instrumental está ligada ao pensamento econômico industrial, enquanto que a racionalidade substantiva está voltada para a compreensão do ser humano individual e suas relações coletivas. Na dinâmica produtiva das agroindústrias familiares, essas racionalidades se manifestam no trabalho, na produção e na comercialização dos produtos. Com isto em vista, o objetivo deste estudo foi analisar como as relações socioeconômicas na dinâmica produtiva das agroindústrias familiares da região das Missões, permeadas no território, caracterizada por particularidades regionais, são influenciadas pelo pensamento instrumental e substantivo. O alcance desse propósito foi por meio de pesquisa de campo, fundamentado por referencial teórico das racionalidades instrumental e substantiva; e agroindústria familiar. Foram realizadas 14 entrevistas em profundidade com produtores e aplicados 136 questionários. Identificou-se que a atividade produtiva é, predominantemente, artesanal e os produtos mais produzidos pelas agroindústrias são os farináceos, os derivados da cana-de-açúcar e os derivados do leite. As racionalidades foram identificadas e analisadas na produção familiar, com predominância da substantiva sobre a instrumental. Assim, o pensamento instrumental não se sobressai em relação ao pensamento substantivo na dinâmica produtiva das agroindústrias familiares. Como consequência, o Arranjo Agroprodutivo Familiar (AAPF) desenvolvido nesta pesquisa, retira o termo “industrial” do seu título, pois o foco está na dinâmica produtiva familiar artesanal, não industrial. A intenção é de que esse arranjo possa servir como base para construção ou aperfeiçoamento de políticas públicas, que contemplem melhor a realidade da dinâmica produtiva das agroindústrias familiares.