O objetivo do artigo é investigar as raízes históricas que sustentam a realidade de conflitos imbricada na relação entre índios e não índios no estado de Mato Grosso do Sul (MS). Para tanto foi fundamental o desenvolvimento de uma investigação histórica das dimensões de política e economia, em um recorte temporal entre final do século XIX e o século XX como forma de estabelecer a compreensão das características da organização recente do estado.Posteriormente foram caracterizados os processos históricos que marcam a problemática da territorialidade indígena em MS. Por fim, empreende-se uma reflexão que busca conjugar os fatos e elementos históricos da estrutura político-econômica do estado às interpretações de destacados pensadores, como Faoro (1973), Fernandes (1981) e Cardoso e Faletto (1980). As conclusões evidenciam que a morosidade das instituições em reconhecer e assegurar direitos étnicos em MS provoca o acirramento do conflito social, especialmente no que concerne à demarcação e ocupação de terras, atuando como obstáculo ao desenvolvimento regional.