A heterogeneidade estrutural e produtiva no setor agrícola brasileiro pode ser observada pela concentração dos fatores de produção e desequilíbrios regionais. Esta heterogeneidade implica em modificações na agricultura. Nesse contexto, a agricultura familiar busca novas estratégias de relações sociais e produtivas, transformando as relações políticas e institucionais. Em vista disso, o presente estudo aborda as causas e o surgimento de novos arranjos organizacionais da agricultura familiar e as cooperativas como organizações que apoiam a diversidade agrícola. Assim, o objetivo foi entender a heterogeneidade da agricultura familiar e suas configurações organizacionais, por meio de uma pesquisa bibliográfica. Muitos agricultores familiares encontram oportunidades em um ambiente marcado pela heterogeneidade estrutural. A configuração de cooperativas pode tornar-se uma oportunidade de reduzir os custos de transação, de promover a diversidade agrícola e diminuir a desigualdade social e econômica.