O município de Itapiranga/SC, além de produtor de aves e tabaco, passou a produtor de energia elétrica por compostagem de dejetos de suínos, enquanto a prefeitura do município de Entre Rios do Oeste/PR se tornou autossuficiente em energia de biogás. Apesar de envolver agentes do mercado, essas inovações são decorrentes do edital de P&D 14/2012 pela ANEEL. O presente trabalho busca contribuir ao debate sobre mecanismos de descarbonização das cadeias produtivas e a inovação pela bioeconomia no desenvolvimento rural, destacando o fomento pelo Estado. Utiliza como referencial o conceito do Estado Empreendedor proposto por Mazzucato. Entre os resultados, a confirmação de que o Estado pode assumir papel de investidor de risco para inovações que, uma vez consolidadas, podem ser replicadas pelos agentes do mercado. Por outro lado, os cases são fruto de alianças entre atores estatais, paraestatais e privados, relativizando a opinião popular de que o Estado Empreendedor seria equivalente ao Executivo.