As Bactérias Ácido Lácticas (BAL) constituem uma classe de micro-organismos fermentadores, a qual produzem ácido láctico como resultado da fermentação, podendo este ser de forma exclusiva ou em conjunto com outros produtos. Estes metabólitos possuem diferentes aromas e sabores, tornando-se úteis para a produção de produtos lácteos, carne e legumes, já que são capazes de conferir características sensoriais específicas. As BAL podem também ser utilizadas como biopreservadores devido à sua reconhecida capacidade antagonista para agentes patogênicos que podem estar presentes no leite. A disponibilidade de culturas de BAL nativas ou endógenas, adaptadas às condições locais, é uma necessidade econômica e um avanço tecnológico. Vários testes têm sido comumente usados para a identificação da microflora presente em amostras de queijo e leite. No entanto, estes testes, algumas vezes, podem levar um longo período e não podem identificar o gênero da bactéria de forma segura e confiável, portanto a aplicação de técnicas moleculares, tais como a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), oferece novas perspectivas para a identificação de espécies de bactérias, taxonomia microbiana e estudos de diagnóstico. O objetivo principal deste estudo foi realizar a caracterização genética e fenotípica de BAL, obtidas a partir de amostras de leite cru e queijo artesanal em uma região no sul do Brasil. As BAL foram isoladas e identificadas utilizando uma combinação de métodos, incluindo testes morfológicos, bioquímicos e moleculares, que tiveram como base a ferramenta de PCR, onde foram utilizadas sequências específicas de primers e também um controle positivo. Até o presente momento, das 103 amostras isoladas e caracterizadas como BAL, 29 amostras podem ser consideradas Lactobacillus plantarum, caracterizados a partir da (PCR) onde foi usado sequências específicas de iniciadores de rRNA 16S-23S e ainda como controle positivo para L. plantarum foi utilizada cepa de referência (ATCC 8041). Apenas uma amostra foi caracterizada como Lactobacillus sakeii onde também foi utilizado sequências específicas de primers para o gene Kata. Como controle positivo para L. sakeii foi utilizada cepa de referência (ATCC/15521), ainda 42 amostras foram caracterizadas como pertencentes ao grupo Casei (Lactobacillus Casei, Lactobacillus paracasei, Lactobacillus Rhamnosus.) através de sequências específicas de iniciadores de rRNA 16S-23S e empregando como controle positivo para L. casei 240a cepa240 de referência ATCC 393. A pesquisa segue em andamento para avaliar a identificação dos micro-organismos Lactobacillus lactis e Bifidumbacterium bifidum nas amostras.