De forma geral, a avaliação da qualidade da água deve obedecer a critérios estabelecidos na legislação, mas também deve ser contemplada com a utilização de novas metodologias, como a utilização dos ensaios de ecotoxicidade e genotoxicidade. Daphnia magna é um microcrustáceo muito utilizado como organismo-teste para avaliar xenobiontes nos cursos de água, destacando o Ensaio Cometa (EC), que permite avaliar danos no DNA passíveis de reparo e que não alteram a vitalidade e viabilidade do organismo-teste, podendo ser uma importante ferramenta complementar para avaliar a qualidade da água. Neste contexto, a presente pesquisa objetivou avaliar a qualidade da água de nascentes do arroio Andreas-RS através do Ensaio Cometa, utilizando D. magna como organismo-teste. Ao todo foram avaliados 20 pontos de nascentes do arroio Andreas, nos meses de dezembro de 2013 e março de 2014, localizados em pequenas propriedades rurais, onde foram coletadas amostras de água. Parâmetros físico-químicos e microbiológicos foram analisados visando a avaliar a qualidade da água segundo a resolução nº 357/2005 do CONAMA. Para a realização do EC, neonatos foram cultivados conforme a norma técnica brasileira NBR-12713, submetidos ao teste de exposição aguda com 20 indivíduos por amostra. Após a exposição, lâminas pré-coberturas foram submetidas à solução de lise por 1 hora e, posteriormente, à eletroforese (0,7 V/cm; 300 mA) por 20 min em tampão alcalino (pH > 12). Todos os testes foram realizados em quintuplicata. As lâminas foram, então, coradas com nitrato de prata e analisadas em microscopia óptica, contando-se 100 nucleóides por lâmina, totalizando 500 nucleóides por amostra. A frequência de dano (FD) e o Índice de dano (ID) foram calculados e comparados a um controle negativo de água reconstituída. A análise estatística foi realizada utilizando a prova estatística não paramétrica de Kruskall-Wallis, com240α = 0.05. Os resultados indicaram que na coleta de Dezembro de 2013, 20% dos pontos de coleta apresentaram genotoxicidade, sendo os pontos P3, P5, P10 e P14, tanto para FD como ID. Já na coleta de Março de 2014, 45% dos pontos de coleta apresentaram genotoxicidade, sendo os pontos P3, P13, P17, P18, P19 e P20, tanto para FD como ID. Além disso, os pontos P4, P11 e P14 apresentaram genotoxicidade exclusiva para ID. Do ponto de vista da qualidade físico-química e microbiológica da água, verificou-se que em ambas as épocas do ano, 46,2% dos pontos de coleta foram enquadradas nas Classes de uso do CONAMA 3 e 4, que correspondem a pontos críticos por apresentar uma qualidade da água fora dos padrões desejados, enquanto que 53.8% foram enquadrados nas Classes de uso do CONAMA 1 e 2. Contudo, a genotoxicidade observada não se associa às variáveis que foram determinantes para a qualidade da água verificada (demanda bioquímica de oxigênio, oxigênio dissolvido, fósforo, turbidez, nitrato e coliformes termotolerantes), uma vez que não constituem um fator genotóxico. Entretanto, há uma alta probabilidade de que outros parâmetros estejam associados com o aumento da genotoxicidade, particularmente agrotóxicos juntamente com o excesso de fertilizantes e insumos agrícolas utilizados em lavouras. Ressalta-se, ainda, que a utilização do EC com D. magna pode ser uma importante ferramenta para complementar as análises físico-químicas e microbiológicas na avaliação da qualidade da água, uma vez que detecta alterações mesmo em águas consideradas como de boa qualidade.