A predisposição genética é um dos aspectos que está relacionada ao aparecimento e desenvolvimento da obesidade; dessa forma, estudos sobre polimorfismos fornecem evidências de que variantes no gene FTO (fat mass and obesity associated) podem estar associados com esta condição. Além disso, o peso ao nascer parece estar associado com atual estado nutricional da criança e do adolescente, persistindo na fase adulta. Os fatores associados à obesidade infanto-juvenil podem ser Úteis para projetar estratégias de prevenção e controle desta condição. Objetivou-se verificar se o atual estado nutricional de crianças e adolescentes está associado com o peso ao nascer e com o polimorfismo rs9939609 do gene FTO. Como metodologia, foi adotado o estudo transversal composto por uma amostra de 385 crianças e adolescentes, de 7 a 17 anos, de escolas estaduais e municipais, da zona urbana (centro e periferia) de Santa Cruz do Sul-RS. O atual estado nutricional foi avaliado através do índice de massa corporal (IMC), o peso ao nascer foi avaliado por questionário autorreferido pelos pais dos escolares, sendo posteriormente classificado em baixo peso (<2500g), peso insuficiente (2500g a 2999g), peso adequado (3000g a 3999g) e excesso de peso (4000g ou mais). A genotipagem do polimorfismo rs9939609 (FTO) foi realizada através de PCR (polymerase chain reaction) em tempo real. A análise estatística dos dados foi realizada no programa SPSS v. 20.0, através de frequência e percentual, para caracterização dos sujeitos. A associação entre a variável dependente (atual estado nutricional) com as variáveis independentes (peso ao nascer e polimorfismo rs9939609) foi testada através dos valores de razão de prevalência (RP), por meio da regressão de Poisson, com intervalo de confiança de 95%, sendo consideradas significativas as diferenças para p<0,05. O equilíbrio de Hardy-Weinberg foi testado para avaliação da frequência genotípica do polimorfismo rs9939609 (p>0,005). As características descritivas dos sujeitos demonstram que a maioria dos sujeitos possui cor da pele branca (75,3%); 9,1% nasceram com excesso de peso, 35,3% apresentam sobrepeso/obesidade atualmente e 13,0% são portadores do genótipo de risco para a obesidade para o polimorfismo rs9939609, do gene FTO. O atual estado nutricional do escolar, avaliado pelo IMC, demonstrou que o sobrepeso/obesidade esteve associado com o excesso de peso ao nascer (RP: 1,23; p<0,001) e com a presença do genótipo de risco para obesidade (RP: 1,17; p=0,001). Conclui-se que o sobrepeso/obesidade em escolares está associado com o excesso de peso ao nascer e com o genótipo de risco para a obesidade do polimorfismo rs9939609, do gene FTO, em crianças e adolescentes de um município no Sul do Brasil. Sugere-se a realização de novos estudos, com o intuito de avaliar variações em outros genes relacionados à obesidade.