Estudos demonstram que baixos níveis de aptidão cardiorrespiratória e obesidade, de forma isolada, estão associados com perfil lipídico alterado. Objetivou-se comparar a presença de dislipidemia em escolares com diferentes níveis de aptidão cardiorrespiratória (APCR) e índice de massa corporal (IMC). O presente estudo transversal incluiu 1.243 crianças e adolescentes, sendo 563 do sexo masculino e 680 do feminino, com idades entre 7 e 17 anos, pertencentes a 19 escolas da zona urbana e rural de Santa Cruz do Sul-RS. O IMC foi classificado em baixo peso, peso normal, sobrepeso e obesidade, de acordo com as curvas de percentis para sexo e idade. A APCR foi avaliada através do teste de corrida/caminhada de 9 minutos, sendo classificada em baixos níveis e bons níveis. Para avaliar o efeito conjunto do IMC e da APCR sobre a dislipidemia, foi realizada uma nova classificação utilizando estas duas variáveis: 1) apto/IMC normal (escolares com bons níveis de APCR e com baixo peso/peso normal); 2) apto/obeso (escolares com bons níveis de APCR e com sobrepeso/obesidade); 3) inapto/IMC normal (escolares com baixos níveis de APCR e com baixo peso/peso normal) e 4) inapto/obeso (escolares com baixos níveis de APCR e com sobrepeso/obesidade). Para analisar o perfil lipídico, foi realizada coleta de sangue, sendo que os escolares foram previamente orientados a manter jejum de 12 horas. Foram avaliados os seguintes marcadores no soro, através de equipamento automatizado Miura One: colesterol total, lipoproteína de alta densidade (high density lipoprotein, HDL) e triglicerídeos. A lipoproteína de baixa densidade (low density lipoprotein, LDL) foi calculada pela fórmula de Friedewald. A dislipidemia foi considerada na presença de, no mínimo, um dos marcadores do perfil lipídico alterado. Os dados foram analisados no programa SPSS v. 20.0, através dos valores de razão de prevalência (RP), utilizando a regressão de Poisson. Os dados demonstram que a dislipidemia é mais prevalente entre crianças e adolescentes com baixa aptidão cardiorrespiratória e com sobrepeso/obesidade, em comparação aos escolares com boa aptidão cardiorrespiratória e com baixo peso/peso normal, para meninos (RP: 1,25; p=0,007) e meninas (RP: 1,30; p=0,001). Além disso, meninos e meninas aptos/IMC normal apresentaram menor razão de prevalência para dislipidemia (RP: 0,80 e 0,91, respectivamente), em comparação aos seus pares aptos/obesos (RP: 1,20 e 1,12, respectivamente), sugerindo que o IMC adequado pode ser mais importante para a saÚde que maiores níveis de aptidão em crianças. Conclui-se que a prevalência de dislipidemia está diretamente relacionada à obesidade e menores níveis de aptidão cardiorrespiratória. Ainda, sugere-se que o IMC adequado pode ser mais importante para a saÚde do que maiores níveis de aptidão cardiorrespiratória.