Testes eco e genotoxicológicos são importantes ferramentas para o monitoramento da qualidade dos mais variados efluentes, visto sua capacidade de detectar potenciais substâncias prejudiciais aos organismos vivos. Desta forma, a avaliação da qualidade da água pode ser feita através do Ensaio Cometa (EC), pois o mesmo permite avaliar danos no DNA passíveis de reparo e que não alteram a vitalidade e viabilidade do organismo-teste. Neste sentido o microcrustáceo Daphnia magna vem se mostrando um excelente organismo-teste para a avaliação de xenobiontes nos cursos de água. Neste contexto, a presente pesquisa objetivou avaliar a qualidade da água de nascentes do arroio Andreas, RS, através do EC, utilizando D. magna como organismo-teste. Ao todo, foram avaliados 21 pontos de nascentes do arroio Andreas, no período de junho de 2014 a junho de 2015, todas inseridas em pequenas propriedades rurais. Para a realização do EC, neonatos foram cultivados conforme a norma técnica brasileira NBR-12713, submetidos ao teste de exposição aguda com 20 indivíduos por amostra. Todos os testes foram realizados em quintuplicata. Após a exposição, o material passou para uma solução de lise por 1 hora e, posteriormente, por eletroforese (0,7 V/cm; 300 mA) com tempo de 20 min em tampão alcalino (pH > 12), sendo posteriormente neutralizadas e fixadas. As lâminas foram então coradas à base de nitrato de prata e analisadas em microscopia óptica, onde se contaram 100 nucleóides por lâmina, totalizando 500 nucleóides por amostra. Calcularam-se a Frequência de Dano (FD) e o Índice de Dano (ID), ambos comparados a um controle negativo de água reconstituída. A análise estatística foi realizada utilizando as provas estatísticas não paramétricas de Kruskall-Wallis/Dunn com α = 0.05. Os resultados indicaram que na coleta de junho de 2014, nenhum dos pontos apresentou genotoxicidade. Já na coleta de setembro de 2014, 55% dos pontos amostrados apresentaram potencial genotóxico, sendo os pontos P1, P3, P5, P9, P10, P18, P19 e P20, tanto para FD como ID, e os pontos P11, P13, e P17, somente para FD. Na coleta de dezembro de 2014, o P20 foi substituído e os pontos que apresentaram potencial de genotoxicidade totalizaram 10%, sendo esses o P10 e o P18, somente para FD. Em março de 2015, os pontos P3 e P12 apresentaram genotoxicidade somente para FD, num total de 10%. Em junho de 2015, a genotoxicidade foi a menor observada, somente para P3 tanto para ID quanto para FD, atingindo 5%. Verificou-se que o grau de genotoxicidade variou de 0% a 55%, havendo uma alta probabilidade de que o uso de agroquímicos e insumos agrícolas empregados em lavouras próximas às áreas amostradas tenha causado esse problema, bem como a sua variação ao longo do tempo. A utilização do EC com D. magna revela-se como uma importante ferramenta para a avaliação da qualidade da água.