O Papilomavírus humano (HPV) é um dos agentes etiológicos mais comuns das doenças sexualmente transmissíveis, com altas taxas de prevalência, com mais de 150 tipos reconhecidos atualmente, dos quais 40 podem infectar o trato genital. Os tipos de alto risco oncogênico, quando associados a outros co-fatores, têm relação com o desenvolvimento das neoplasias intraepiteliais e do câncer invasor do colo uterino, da vulva, da vagina e da região anal. Um grande nÚmero de métodos estão disponíveis para a detecção do vírus e para identificar as alterações celulares como o exame de Papanicolau, histopatológico (biopsia), biologia molecular (captura híbrida e PCR). A técnica de PCR é a considerada a mais sensível, por conseguir detectar os subtipos de HPV. Neste contexto, o objetivo deste estudo foi padronizar por PCR em tempo real e genotipar o HPV para realizar o diagnóstico em amostras cérvico-vaginais de mulheres atendidas em uma unidade de saÚde escola. Para isso, foi realizado um estudo descritivo-analítico transversal observacional no período de fevereiro a maio de 2015 com mulheres que realizaram a coleta de Papanicolau, onde foi realizada uma apresentação do projeto e aquelas que aceitaram participar e assinaram o Termo de Consentimento Informado e Esclarecido (TCLE), responderam um questionário clínico-epidemiológico com informações como: idade, estado civil, escolaridade, raça, quantos parceiro durante a vida, uso de preservativo, uso de anticoncepcional, histórico de DST, histórico de ferido no colo do Útero. As amostras foram analisadas pelo método de PCR convencional e PCR em tempo real para presença do HPV, utilizando os primers consenso para identificação do HPV e para a detecção dos genótipos 16 e 18 primers específicos. Para a padronização da técnica de PCR em tempo real para detecção de HPV, HPV 16 e 18 utilizou-se controles positivos, que foram realizadas no laboratório de Biotecnologia e Genética da UNISC. Os dados clínicos, epidemiológicos e laboratoriais serão arquivados em um banco de dados criado no software SPSS (Chicago, IL) v. 21 para posterior análise estatística. A média de idade da população estudada foi de 43,56 (± 13,27), que variou entre 18-65 anos. Quanto ao estado civil 64,6% eram casadas, 52,5% possuíam ensino médio completo, 7,1% das mulheres já tiveram alguma DST, destas 5 mulheres já foram diagnosticada com HPV. Já em histórico de ferida no colo do Útero 20,2% já tiveram ferida. Foram coletadas 99 amostras cérvico-vaginais e nenhuma apresentou infecção pelo vírus HPV, tanto para o exame de Papanicolau, PCR convencional e PCR em tempo real. Foi possível padronizar a técnica de PCR em tempo real utilizando os primers consenso para identificação do HPV e para genotipagem os primers específicos de HPV-16 e HPV-18. Estudos futuros serão necessários para padronizar uma PCR em tempo real multiplex incluindo o HPV 16 e 18 e outros tipos de vírus de alto risco.