Devido ao rápido aumento da prevalência da obesidade e as graves consequências para a saÚde, a mesma é considerada um dos desafios mais graves de saÚde pÚblica do início do século XXI. A função da proteína FTO (associado à massa gorda e obesidade) ainda é em grande parte desconhecida, mas é expressa em diversos tecidos, especialmente no hipotálamo, hipófise, glândulas supra-renais e mÚsculos. O gene FTO encontra-se na região cromossômica 16q12.2, possui 9 exons e 8 introns, num total de 2.348 pares de base. O polimorfismo rs9939609 encontra-se no intron 1 do gene FTO e é constituído pelos alelos T e A, sendo que este Último está diretamente relacionado a um maior acÚmulo de gordura corporal, principalmente quando se apresenta na forma homozigota (AA). Com esta pesquisa, objetiva-se avaliar a associação do polimorfismo rs9939609 do gene FTO com perfil lipídico e glicêmico e diferentes indicadores de sobrepeso/obesidade em escolares. Foi realizado um estudo transversal com 500 escolares na faixa etária de 7 a 17 anos de ambos os sexos. A genotipagem do FTO rs9939609A/T foi realizada através de PCR em tempo real, utilizando o sistema Taqman™ no aparelho StepOne Plus^®. A obesidade foi avaliada utilizando o Índice de Massa Corporal (IMC), Circunferência da Cintura (CC) e Percentual de Gordura (%G). Os exames bioquímicos de glicose, colesterol total, colesterol LDL, colesterol HDL e triglicerídeos foram realizados utilizando os kits comerciais DiasSys^TM e Kovalent^TM. O tratamento estatístico foi realizado por estatística descritiva a partir de média e desvio padrão para descrever as características dos sujeitos. O cálculo do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) foi realizado e o p foi calculado usando χ ². Foi usada regressão de Poisson para estimar a razão de prevalência do genótipo de risco com as variáveis bioquímicas e antropométricas. Para comparar as médias do perfil lipídico e glicêmico e medidas antropométricas com os genótipos, foi utilizado ANOVA no programa SPSS 20.0. A média de idade dos sujeitos envolvidos na pesquisa foi de 13,01 anos (± 3,05) e a maioria dos escolares avaliados foi do sexo feminino (53,2%). Observou-se que 15% dos escolares apresentaram sobrepeso e 11,2% obesidade, correspondendo a 26,2% de excesso de peso. Destacou-se a alta porcentagem de gordura visceral mensurada pela CC que foi elevada em 16% dos escolares e o %G foi elevado em 39,2% dos escolares. Em relação ao polimorfismo analisado, 19,4% apresentaram o genótipo AA que está associado ao depósito de gordura corporal. Foi observado que os portadores do genótipo AA do polimorfismo rs9939609 do gene FTO apresentaram maior média de colesterol HDL (58,33±11,27), podendo assim ser um fator relacionado ao aumento do HDL (p=0,008). A associação com sobrepeso/obesidade, bem como com as demais variáveis analisadas e o polimorfismo avaliado, não foi observada. Com isso, pode-se concluir que o genótipo AA do rs9939609 esteve relacionado com maior HDL, mas não houve associação com sobrepeso/obesidade em escolares.