O câncer bucal representa um grave problema de saÚde pÚblica no Brasil, correspondendo a 4% entre todos os tipos de câncer. Diversos vírus foram sugeridos como potencialmente oncogênicos em relação ao câncer bucal, porém, destacou-se recentemente o vírus do papiloma humano (HPV). O HPV infecta as células escamosas da orofaringe e causa lesões, como o carcinoma espinocelular (CEC), o qual representa 90% de todos os tumores malignos que afetam a cavidade bucal. Objetivou-se pesquisar a presença de CEC através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) em biópsias coletadas na clínica do Curso de Odontologia da Universidade de Santa Cruz do Sul (UNISC), no perído de 2003 à 2013. O presente estudo utilizou como metodologia uma pesquisa quantitativa, de caráter exploratória e descritiva, sendo um estudo transversal retrospectivo e observacional, realizada no mês de maio junto ao laboratório de Patologia da UNISC. Fez-se a seleção das amostras através da procura no livro registro de todas as lesões de pacientes da clínica do Curso de Odontologia da UNISC, do período de 2003 à 2013, para posterior procura dos respectivos prontuários para realizar o estudo, considerando-se dados clínicos e epidemiológicos. Os pacientes que procuram o atendimento na clínica assinam o Termo de Consentimento Livre Esclarecido (TCLE). As amostras de biópsia foram coletadas pelos dentistas, sendo logo após, colocadas em uma caixa de isopor e imediatamente levadas até o laboratório. As técnicas de análise foram realizadas no Laboratório de Patologia e no Centro de Pesquisa e Treinamento em Biotecnologia da UNISC, sendo selecionadas 33 amostras de biópsias de carcinoma espinocelular de orofaringe. Para extração do DNA, primeiramente foi retirada a parafina com xilol e depois foi realizada a extração do DNA pelo protocolo de utilização do Wizard Genomic DNA Purifications Kit - Promega, seguindo-se as instruções do fabricante. A solução obtida com o DNA extraído foi estocada a -20°C até ser utilizada na reação de amplificação. Para detecção do HPV, foi utilizado um conjunto de iniciadores genéricos MY09/11 para a detecção de qualquer tipo de HPV, conforme Manos et al.,1989. Das 33 amostras analisadas, nenhuma foi positiva quanto à presença de HPV. Realizou-se uma busca aos prontuários destes pacientes junto à clínica odontológica da UNISC, dos quais foram encontrados 28 prontuários. Na análise destes, estava disponível o sexo, idade, cor, tipo de lesão e tabagismo. Quanto ao sexo, 64,3% são do sexo masculino e a faixa etária dos pacientes variou dos 10 aos 78 anos de idade, com média de 56,82 (±14,87) anos. Quanto à cor, 94,1% são da cor branca e 52,8% negaram tabagismo. Concluiu-se que não foi possível detectar o vírus HPV nas amostras de orofarige dos pacientes participantes do estudo. Estudos com um nÚmero maior de amostras devem ser realizados para testar a eficácia da detecção do HPV em amostras de orofaringe. Não se pode determinar apenas o tabagismo como um fator para ocorrência de lesões bucais, devendo-se avaliar um conjunto de fatores de risco como estresse, etilismo e sexo oral.