A Organização Mundial da Saúde (OMS) mostra que nas últimas três décadas a prevalência de obesidade tem aumentado substancialmente. É uma doença crônica multifatorial, caracterizada por um baixo grau de inflamação no tecido adiposo branco. Muitas adipocinas regulam o balanço energético, afetam o metabolismo de glicose e lipídios e podem contribuir para comorbidades associadas à obesidade. A adiponectina é a proteína mais abundante secretada pelo tecido adiposo, sendo codificada pelo gene ADIPOQ, reduzida na obesidade e aumentada em resposta à redução de peso. A proteína transmembranar 18 (TMEM18) é expressa abundantemente no hipotálamo e no tronco cerebral, regiões que desempenham um papel crucial na regulação da homeostase de energia, sendo relacionada à obesidade infantil e adulta. A proteína associada à massa gorda é codificada pelo FTO, sendo este gene amplamente expresso numa variedade de tecidos humanos como no cérebro, nas ilhotas pancreáticas e no fígado. É um dos principais genes relacionados ao aumento do IMC, estando diretamente relacionado com a obesidade. O objetivo desse estudo foi avaliar a relação dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) nos genes FTO (rs9939609), ADIPOQ (rs182052) e TMEM18 (rs6548238) com perfil bioquímico e índice de massa corporal (IMC) em escolares de Santa Cruz do Sul/RS. Para tanto, foi realizado um estudo transversal com 730 escolares na faixa etária de 7 a 17 anos de idade. A genotipagem dos SNPs foi realizada através de qPCR, utilizando o sistema Taqman no aparelho StepOne Plus®. A obesidade foi avaliada utilizando o IMC, circunferência da cintura (CC) e percentual de gordura (%G). As análises bioquímicas foram realizadas utilizando kits comerciais da DiasSysTM e KovalentTM tendo sido mensurados os níveis de glicose, colesterol total (CT), colesterol LDL, colesterol HDL e triglicerídeos (TG). O tratamento estatístico foi realizado no programa SPSS 20.0 utilizando análise descritiva, Teste t e regressão logística bivariada. Das características descritivas avaliadas, 76% dos escolares possuíam entre 10 e 17 anos de idade e 57% eram do sexo feminino.  Observou-se que 18% dos escolares apresentaram sobrepeso e 16,3% foram caracterizados como obesos. As médias de IMC e do perfil bioquímico não apresentaram relação estatisticamente significativa entre os genótipos do SNP rs182052 no gene ADIPOQ. Para o SNP rs6548238 no gene TMEM18 portadores do genótipo CC apresentaram maiores valores de IMC do que sujeitos com genótipos CT+TT (p = 0,018).  Para o SNP rs9939609 no gene FTO portadores dos genótipos AA+AT apresentaram maiores valores de triglicerídeos do que sujeitos com o genótipo TT (p=0,041) e portadores do genótipo TT apresentaram maiores valores de HDL do que sujeitos com genótipos AA+AT (p=0,004). A análise de regressão logística bivariada mostrou que indivíduos portadores do alelo de risco do gene FTO possuem 1,7 mais chances de desenvolver hiperglicemia (OR= 1,7; 95% IC: 1,02; 2,81; p=0,04) e 1,5 mais chances de desenvolver hipertrigliceridemia (OR= 1,5; 95% IC: 1,04; 2,08; p=0,02). Conclui-se com esta pesquisa que 34,2% dos escolares apresentam sobrepeso e obesidade, que os portadores do genótipo de risco do rs9939609 no gene FTO apresentaram maior risco de desenvolver hiperglicemia e hipertrigliceridemia e que portadores do genótipo CC do rs6548238 no gene TMEM18 estiveram associados com maior IMC.