A crescente prevalência da obesidade e suas comorbidades em todo o mundo têm como um dos principais fatores associados, ao seu desenvolvimento, os aspectos ambientais. Porém, a suscetibilidade genética, decorrente de diferentes mutações, também apresentam relevante importância, estando os polimorfismos presentes no gene FTO (fat mass and obesity associated), como o rs9939609, entre as principais variáveis envolvidas na sua origem. Objetivou-se verificar se escolares portadores e não portadores do alelo de risco para obesidade (A), do polimorfismo rs9939609, no gene FTO, apresentam resposta diferente a um programa interdisciplinar com exercício físico, com relação à circunferência da cintura (CC). Realizou-se um estudo, de caráter quase-experimental, com uma amostra composta por 46 escolares com idade entre 6 e 16 anos, sendo 23 alocados no grupo experimental e 23 no grupo controle, do município de Santa Cruz do Sul, RS. Os sujeitos do grupo controle foram inicialmente pareados com escolares, apresentando características semelhantes, com relação à idade, aspectos culturais e indicadores antropométricos. Todos os indivíduos apresentavam excesso de peso, considerando as curvas de percentis do CDC/NCHS na avaliação do índice de massa corporal (IMC), de acordo com o sexo e idade. Para avaliação da CC, foi utilizada uma fita métrica inelástica no ponto médio entre a crista ilíaca e a face externa da última costela, sendo os dados obtidos em centímetros. A intervenção contou com atividades físicas, orientação nutricional, reeducação postural e orientação de higiene bucal, durante um período de 4 meses, com uma frequência semanal de 3 vezes e com duração de 1 hora e 30 minutos em cada sessão. A extração do DNA foi realizada pelo método salting out, utilizando amostras de sangue total, contendo EDTA, sendo a genotipagem do polimorfismo realizada posteriormente pela técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction) em tempo real, utilizando sondas do tipo TaqMan para investigar a variante A/T, em equipamento automatizado StepOne Plus. A análise dos dados foi realizada no programa estatístico SPSS v. 20.0, sendo que o equilíbrio de Hardy-Weinberg foi testado pelo teste de qui-quadrado, considerando p>0,05. Os dados contínuos da CC, antes e após a intervenção, foram descritos através dos valores de mediana e intervalo interquartílico e testada a significância pelo teste pareado de Wilcoxon, considerando significativas as diferenças para p<0,05. A presença do genótipo de risco para obesidade (AA), para o polimorfismo rs9939609, no gene FTO, foi evidenciada em três escolares do grupo controle e em cinco do grupo experimental. Após o período em que os escolares foram submetidos ao programa de intervenção, observou-se redução significativa da CC apenas no grupo experimental, entre os escolares com a presença dos genótipos de risco para obesidade (AT + AA; p=0,023). Apenas os escolares portadores do genótipo de risco para o polimorfismo no gene FTO, que integravam o grupo experimental, reduziram significativamente a circunferência da cintura após o programa de intervenção interdisciplinar.