O HPV é um vírus DNA do grupo papovavírus, com mais de 120 tipos reconhecidos atualmente, dos quais 30 podem infectar o trato genital. O diagnóstico inicial é realizado através do exame de Papanicolau, porém devido às suas limitações, as técnicas da biologia molecular garantem um diagnóstico mais preciso, bem como a identificação do DNA viral por PCR. A PCR convencional (PCRc) baseia-se na amplificação específica de segmentos do DNA alvo seguidas por eletroforese em gel de agarose para detecção do DNA amplificado com um corante capaz de intercalar no DNA e fluorescer sob exposição à luz ultra-violeta. Esta metodologia possui desvantagens, dentre elas podemos destacar a detecção dos produtos de reação apenas no final de todos os ciclos de termociclagem momento no qual o DNA-alvo se encontra. A técnica de PCR em tempo real, por sua vez, é uma variação do método de PCRc e permite a detecção, ciclo a ciclo, com elevada sensibilidade e especificidade, possibilitando a análise qualitativa e quantitativa. Esta técnica difere da PCRc por utilizar sondas marcadas com fluoróforos que emitem uma fluorescência durante as amplificações, e o sinal é detectado por um laser do termociclador, que pode ser visualizado em uma tela de computador. Os custos para realização de uma PCRc ou de PCR-RT é uma implicação nos grupos de pesquisa e laboratórios que detectam o HPV. Neste sentido será analisado os custos para a utilização da PCRc e PCR-RT. Objetivou-se analisar e comparar os custos da PCR convencional e da PCR em tempo real para a detecção de HPV em amostras cérvico-vaginais. Foi realizado uma pesquisa exploratória e comparativa de natureza aplicada, na qual o método de custeio utilizado neste estudo foi direto, sendo calculado sobre os reagentes, materiais e equipamentos utilizados, mediante a atribuição de valores monetários para cada recurso utilizado. O levantamento de custos foi realizado no período de fevereiro a março de 2015, no bloco 55 da Universidade de Santa Cruz do Sul. Para o levantamento de custos, foram construídas planilhas para obtenção dos dados e cálculo dos valores médios. Todos os valores foram expressos em reais (R$). A partir dos valores da média do custo bruto, foi calculado o custo por g, mL, µL ou p/mol de cada reagente para uma amostra, visto que, grande parte dos produtos necessários para a PCR, é utilizada sob a forma de solução e não na sua forma bruta ou prontos para o uso, além disso, foi calculado a média de w/h dos equipamentos e também custos de materiais em gerais com microtubos e ponteiras. Foi realizada a média do custo de cada uma das PCR relativo a uma amostra. Na PCRc para verificação do HPV e genotipagem de vírus HPV 16 e 18, foi gasto um total R$6,77 por amostra. Na PCR-TR o custo foi de R$5,66 por amostra, sendo considerados os mesmos itens do processo anterior. A PCR-TR apresentou um custo menor em relação a PCRc, devido não precisar verificar por eletroforese em gel de agarose o produto amplificado, que gerou um orçamento mais oneroso na PCRc. Estudos relatam que a PCR-RT tem a vantagem de ser mais rápida que a convencional e tem sido considerado em muitos casos mais sensível e eficiente. Diante do estudo realizado, é possível estabelecer que PCR-TR vem sendo considerada a técnica com maior sensibilidade, especificidade e velocidade de análise, além de ser de menor custo que a PCRc, e considerado o método molecular de escolha para o eficiente diagnóstico do HPV.