A obesidade infantil e juvenil está entre os problemas de saúde pública mais graves e com maior prevalência atualmente. Essa condição tem como consequências prejuízos na saúde física e psicológica que se estendem pela vida adulta, como risco para o desenvolvimento de diabetes, doenças cardiovasculares e respiratórias, câncer, e transtornos de ansiedade e de humor. O risco para o desenvolvimento de obesidade e outras doenças associadas na vida adulta também pode ser avaliado desde a infância, quando são encontradas alterações precoces em marcadores bioquímicos e antropométricos. Polimorfismos genéticos estão associados a essas alterações, como os dos genes FNDC5 e RBP4, que possuem relação com a obesidade e a resistência à insulina. Esse estudo de caráter transversal buscou avaliar a possível relação entre os polimorfismos FNDC5 rs16835198 e RBP4 rs3758539 com alterações bioquímicas em escolares de Santa Cruz do Sul – RS. O estudo contou com a participação de 779 crianças e adolescentes na faixa dos 6 aos 17 anos. A classificação para obesidade foi realizada pelo Índice de Massa Corporal (IMC). Os exames bioquímicos foram realizados com kits comerciais da Kovalent^TM, tendo sido avaliados triglicerídeos, glicose, colesterol total, colesterol HDL e colesterol LDL. Para a extração de DNA, foi empregado o método de salting out, e após a extração, foi realizada a genotipagem no aparelho StepOne Plus^® (Applied Biosystems) utilizando o sistema TaqMan^TM. O tratamento estatístico foi realizado no software SPSS 20.0, por estatística descritiva, teste t de Student, ANOVA e teste de Tukey (post hoc) para avaliar a relação dos genótipos com as variáveis amostradas; também foi realizado o cálculo do equilíbrio de Hardy-Weinberg para obter a distribuição teórica dos genótipos e dos alelos, e o teste de Qui-quadradro para verificar se a distribuição dos genótipos está em equilíbrio. A amostra é composta em sua maioria por adolescentes (>10 anos; 77,7%) e indivíduos do sexo feminino (56,9%), sendo a média de idade de 12±2,8 anos. Foi observada uma alta prevalência de sobrepeso (17,3%) e obesidade (15,8%). A distribuição dos genótipos no rs16835198 do gene FNDC5 foi de 58,4%-45,1%-16,6% (GG, GT e TT) e 57,4%-37,5%-5,1% (CC, CT e TT) no rs3758539 no gene RBP4, estando ambos em equilíbrio de Hardy-Weinberg (FNDC5 ?²=2,2645; p=0,322; e RBP4 ?²=0,7052; p=0,703). A frequência dos alelos do gene FNDC5 foi de 60,91% para o alelo G e 39,09% para o alelo T. Da mesma forma, para o gene RBP4, a frequência foi de 76,12% para o alelo C e 23,88% para o alelo T (de risco). Não foi encontrada relação entre valores de risco para IMC e variáveis bioquímicas com os genótipos por ANOVA e teste de Tukey, que comparam individualmente os genótipos. Ao agrupar os genótipos em pares pelo teste t, foi possível observar que o grupo composto pelos genótipos GT e TT apresentou valores de HDL significativamente maiores (p=0,03) que o grupo GG. Através desse estudo foi possível observar que há uma alta prevalência (33,1%) de excesso de peso entre os escolares e que o genótipo GG mostrou-se de maior risco para níveis baixos de HDL, tipo de alteração lipídica que pode levar ao desenvolvimento da obesidade, diabetes e de outras doenças de origem metabólica na idade adulta.