ADAPTAÇÕES DE TÉCNICA IN HOUSE DE EXTRAÇÃO DE DNA DE CANDIDA PARA UTILIZAÇÃO EM QPCR

Milene Luisa Jackisch, Ariane de Souza, Sabine Elisa Jackisch, Bruna Roberta Toillier, Alessandra Koehler, Alexandre Rieger

Resumo


Candida sp. é uma levedura dimórfica que coloniza a pele, mucosa gastrointestinal e trato urinário como um agente comensal. Estudos revelam que as fungemias ocasionadas por leveduras do gênero Candida tem se tornado frequentes na prática médica, devido à sua habilidade de colonização, oportunismo e desafios terapêuticos atribuídos ao difícil diagnóstico e tratamento. O difícil diagnóstico ocorre pelo fato de que as técnicas convencionais de cultivo de fluidos corporais e tecidos tem uma série de limitações como a demora na obtenção dos resultados, a contaminação natural da amostra e do cultivo, além da necessidade de pessoal capacitado para a identificação. Uma técnica in house de extração de DNA, que permitisse a identificação e a quantificação de Candida por qPCR, seria importante para o diagnóstico, pois diferenciaria entre Candida de ocorrência natural da amostra dos estados de candidíase. O objetivo deste trabalho foi utilizar uma técnica in house de extração de DNA de Candida, identificar e quantificar o DNA através de qPCR. Foi cultivado em ágar Sabouraud, três espécies de Candida, C. albicans, C. parapsilosis e C. tropicalis. Após o crescimento, foram feitas diluições em salina de 1:1 e realizada contagem na Câmara de Neubauer, após ajustou-se uma solução com concentração de 50.000.000 de células por mL. A extração de DNA foi realizada através do protocolo simplificado de fungos leveduriformes, adaptado de Tavares et al. 2004. Foram testadas 3 modificações, um protocolo com maceração através de nitrogênio líquido e liticase, um segundo somente com liticase e o última com uma etapa de fervura. Em cada uma destas modificações foi testada a utilização de colunas na etapa final do protocolo. Os resultados das modificações foram confirmados por eletroforese em gel de agarose 0,8% e espectrofotometria. Ainda, foi substituído o NaCl 5M, por acetato de amônio 7,8M na etapa posterior a utilização do clorofórmio: álcool isoamílico (24:1). Para confirmar a qualidade do DNA extraído, as amostras foram submetidas à qPCR. Seguindo o protocolo original não se obteve boa qualidade da extração, com média da relação 260/280 nm de 0,99, sendo o ideal entre 1,8 a 2. Nas modificações, o protocolo com fervura apresentou relação mais próxima do ideal, porém não obteve bom rendimento de DNA, sendo o protocolo com nitrogênio líquido o melhor, com rendimento de 14,2 ng/µl de DNA. Estes resultados foram confirmados através de eletroforese em gel de agarose 0,8%. Os testes com colunas não foram satisfatórios, pois muito DNA ficava retido na mesma. A substituição do NaCl por acetato de amônio, melhorou a qualidade da extração elevando a média da relação 260/280nm para 1,7, o que possibilitou a utilização destas amostras na qPCR. Na reação de qPCR, houve amplificação das 3 espécies de Candida confirmadas em gel de agarose. A qPCR foi sensível para detectar até cerca de 6.000 células/mL. Também foi testada a especificidade da reação, incluindo no teste DNA humano e bacteriano que não apresentaram amplificação. Conclui-se que as modificações no protocolo original, como maceração da amostra por nitrogênio líquido e substituição do NaCl por acetato de amônio permitiu a utilização destas extrações para qPCR.

 

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