A obesidade tem emergido como um dos maiores problemas de saúde pública em vários países do mundo, tanto em gravidade como prevalência. Trata-se de uma doença multifatorial relacionada ao surgimento de inúmeras comorbidades, dentre elas: complicações metabólicas, psicossociais, cardiovasculares e respiratórias. Estima-se que fatores genéticos contribuam de 40 a 70% na susceptibilidade de desenvolvimento da obesidade. Nesse sentido, Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) nos genes FTO (Fat mass obesity-associated) e TMEM18 (proteína transmembranar 18) têm se mostrado relacionados a alterações nos parâmetros antropométricos e bioquímicos. Desta forma, este estudo visou analisar a relação entre os SNPs nos genes FTO (rs9939609) e TMEM18 (rs6548238) e a concentração sérica da proteína FTO com o excesso de peso e as características antropométricas e bioquímicas em escolares de Santa Cruz do Sul/RS. Foi realizado um estudo de caráter transversal que incluiu a participação de 1.465 escolares, com idades entre seis e 17 anos, de ambos os sexos. A genotipagem dos SNPs foi realizada através de qPCR, utilizando o sistema Taqman™ no aparelho StepOne Plus®. A obesidade foi avaliada utilizando o Índice de Massa Corporal (IMC), Circunferência da Cintura (CC) e Percentual de Gordura (%G). Os exames bioquímicos de glicose, colesterol total, LDL, HDL e triglicerídeos foram realizados utilizando kits comerciais Kovalent^TM. A mensuração da proteína FTO de 83 amostras foi realizada com Kit comercial de ELISA da MyBioSource^TM. As análises estatísticas foram realizadas no software SPSS 20.0. Estatística descritiva foi utilizada para descrever os sujeitos. O equilíbrio de Hardy-Weinberg foi testado e distribuições paramétricas e não-paramétricas foram determinadas pelos testes de Kolmogorov-Smirnov (K-S) para todas as variáveis. Foi utilizado os testes ANOVA e Kruskal-Wallis para avaliar a relação dos genótipos e da concentração sérica de FTO com as variáveis antropométricas e bioquímicas. A amostra é composta majoritariamente por adolescentes (76,8%) do sexo feminino (56,3%), com mediana de idade de 12 anos (IIQ: 10–14). A prevalência de sobrepeso/obesidade foi de 35,8%, sendo mais elevada em meninos (36,87%) do que em meninas (34,91%). A frequência genotípica para rs9939609 do gene FTO foi de 13,5%; 46,8% e 39,7% (AA, AT e TT, respectivamente) e 2,3%; 24,2% e 73,6% (TT, CT e CC, respectivamente) para rs6548238 do gene TMEM18, ambos em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Para o SNP do gene FTO encontrou-se que indivíduos portadores do alelo de risco (A) apresentam maiores níveis plasmáticos de triglicerídeos (p=0,023), principalmente em heterozigotos AT (68,9 ng/dL; IIQ: 49,0–94,1). Já para o SNP do gene TMEM18 foi observado que portadores do genótipo CC apresentam valores mais elevados para IMC (20,1; IIQ: 17,5–23,0; p=0,024) e CC (66,0 cm; IIQ: 60,0–74,0; p=0,03). Quanto à concentração sérica da proteína FTO, esta mostrou relação significativa para IMC (p=0,009), HDL (p=0,001) e glicose (p=0,016). Portanto, foi possível observar através desse estudo que 35,8% dos escolares apresentam excesso de peso, que portadores do alelo de risco do rs9939609 no gene FTO possuem níveis mais elevados de triglicerídeos e que portadores do genótipo CC do rs6548238 no gene TMEM18 apresentaram maiores valores de IMC e CC. Observa-se também que maiores níveis séricos de FTO estão associados à elevação do IMC, glicose e a diminuição de HDL em escolares do sul do Brasil.