A Tuberculose (TB) é uma doença infectocontagiosa que tem como agente causador o Mycobacterium tuberculosis, também conhecido como Bacilo de Koch (BK). A doença é transmitida através das vias respiratórias por aerossóis, liberados por tosse, por exemplo, de um indivíduo portador de TB ativa. Mesmo que a TB seja uma doença milenar, grande parte da população brasileira desconhece sua prevalência. No Brasil, a TB ainda é um problema de saúde pública, principalmente na população privada de liberdade (PPL), sendo nos presídios a maior incidência de casos de TB no Brasil, cerca de 28 vezes mais casos do que na população geral, devido às condições dos sistemas prisionais brasileiros, como a superlotação, falta de ventilação e pouca entrada de luz solar, que propiciam a propagação da doença. A genotipagem de M. tuberculosis permite a detecção da propagação clonal de cepas dentro destas unidades. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar o perfil genotípico de M. tuberculosis entre a PPL dos presídios que contam com unidades de saúde prisional no Rio Grande do Sul. Realizou-se um estudo transversal retrospectivo incluindo pacientes com diagnóstico de TB nos anos de 2013 a 2014. Os dados clínicos dos pacientes, assim como as cepas de M. tuberculosis foram obtidas do banco de dados e do banco de amostras do Laboratório Central do Estado do Rio Grande do Sul (LACEN/RS). A partir de cultura de M. tuberculosis foi realizada extração de DNA e posteriormente realizada a genotipagem por Mycobacterial Interspersed Repetitive Units-Variable Number of Tandem Repeat Analysis (MIRU-VNTR) -15 loci. Foram analisadas 296 amostras de penitenciárias de quatro cidades diferentes (Rio Grande, Pelotas, Santa Cruz do Sul e Porto Alegre), destas, 180 (60%) análises genotípicas através do MIRU-VNTR foram realizadas. Das 296 amostras, avaliou-se a positividade para HIV e a resistência aos medicamentos isoniazida (INH), estreptomicina (SM), rifampicina (RPM) e etambutol (EMB). A taxa de coinfecção TB-HIV foi de 24,32%, porém 53% dos casos não continham informações disponíveis ou o teste para HIV não havia sido realizado. Todos os doentes foram submetidos a teste de sensibilidade e destes, 60 (20%) apresentaram resistência a algum tipo de droga. Dos resistentes, 19 (31%) apresentaram resistência a INH e 17 (28%) a rifampicina. Das 180 amostras com a genotipagem realizada, 60 (33,3%) amostras encontram-se em 15 clusters diferentes, sendo um deles, com sete componentes da mesma penitenciária, todos resistentes a INH. A formação destes clusters reforça a possibilidade de transmissão do bacilo entre os presos, por isso o controle da TB nas penitenciárias é fundamental e precisa de um programa efetivo de controle da doença.