A síndrome metabólica (metabolic syndrome – MetS) pode ser definida como um conjunto de condições de saúde decorrentes de fatores externos, como estilo de vida e características epigenéticas, que aumentam o risco cardiometabólico. O polimorfismo rs9939609, SNP (Single nucleotide polymorphism) presente no primeiro íntron do gene fat mass and obesity (FTO), vem sendo considerado como o que mais fortemente se associa à obesidade e já foi relacionado à predisposição de MetS. Embora estabelecida a associação do polimorfismo rs9939609 do gene FTO com a composição corporal, o seu papel sobre os efeitos produzidos em programas de intervenção ainda é controverso. O objetivo do presente estudo é verificar se um programa interdisciplinar com exercício físico, orientação psicológica e nutricional modifica o escore contínuo de risco metabólico (continuous metabolic risk score - cMetS), em escolares com e sem alelo de risco para o polimorfismo rs9939609, do gene FTO. Este é um estudo quase-experimental de amostra composta por 36 escolares, sendo 19 participantes do grupo experimental e 17 participantes pertencentes ao grupo controle, residentes no município de Santa Cruz do Sul – RS. A amostra é recorte da pesquisa “Obesidade em escolares da educação básica: um estudo de intervenção interdisciplinar”, desenvolvida nas dependências da Universidade de Santa Cruz do Sul (UNISC). A avaliação da presença de risco cardiometabólico foi realizada através da elaboração do cMetS, a partir de cálculo do escore Z, de cinco fatores de risco metabólicos: circunferência da cintura; pressão arterial sistólica (PAS); triglicerídeos (TG); colesterol HDL (high density lipoprotein/lipoproteína de alta densidade) e glicose. A genotipagem foi realizada pela técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction), utilizando sondas do tipo TaqMan, para investigar a variante A/T, em equipamento StepOne Plus. A análise estatística foi realizada pelo software SPSS v. 23.0 (IBM, Armonk, USA). Realizou-se equilíbrio de Hardy-Weinberg para o polimorfismo, Teste U de Mann-Whitney, teste pareado de Wilcoxon e Teste de McNemar, para obtenção dos resultados. Observou-se que a maioria dos escolares pertence ao sexo feminino (58,3%). Dos 36 sujeitos avaliados neste estudo, 21 (58,3%) apresentam alelo de risco do polimorfismo rs9939609 (AT/AA); sendo que, dos 19 indivíduos alocados no grupo experimental, 13 (68%) indivíduos possuíam alelo de risco. Não há diferenças significativas entre os valores de cMetS entre os grupos experimental e controle, nem intragrupos, no pré e no pós teste, independentemente de serem ou não portadores de alelo de risco para o polimorfismo rs9939609. A comparação sobre a classificação de cMetS, antes e após a realização da intervenção, também não apresentou diferença significativa, independente da presença ou ausência de alelo de risco. Conclui-se, portanto, que execução de um programa interdisciplinar com exercício físico não modificou o escore contínuo de risco metabólico em escolares, independentemente de possuírem ou não o alelo de risco para o polimorfismo rs9939609 do gene FTO.