O gene FTO está envolvido no controle dos gastos energéticos e no consumo de energia, sendo relatado por vários autores, que as crianças portadoras do alelo A, para o polimorfismo rs9939609, presente neste gene, tendem a consumir mais energia, principalmente, derivados de alimentos gordurosos, do que os não portadores deste alelo de risco para obesidade. Sendo assim, a detecção precoce de indivíduos em risco de se tornarem obesos é importante, para a prevenção da obesidade infantil e dos distúrbios relacionados a esta condição. Tendo em vista que as interações entre os genes e os comportamentos alimentares representam fatores de risco para obesidade, devemos considerar suas interações para a identificação efetiva e manejo da obesidade infantil. Objetivou-se verificar se existe relação entre hábitos alimentares e a presença do genótipo de risco para o polimorfismo rs9939609, do gene FTO, entre escolares do município de Santa Cruz do Sul, Rio Grande do Sul. A amostra deste estudo transversal foi composta por 381 escolares, sendo 134 crianças e 247 adolescentes, com idades entre 7 e 17 anos, pertencentes a escolas do município. O estudo foi submetido e aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa Humana da Universidade de Santa Cruz do Sul (UNISC). Os dados referentes aos hábitos alimentares dos escolares foram coletados mediante aplicação de um questionário autorreferido pelos alunos, que consistiu na avaliação da frequência de consumo de diferentes tipos de alimentos, ao longo de uma semana típica. Para investigar a presença do genótipo de risco para obesidade do polimorfismo rs9939609, do gene FTO nos escolares avaliados, foi inicialmente empregado o método de salting out na extração do DNA, a partir de amostras de sangue total, contendo EDTA, provenientes dos mesmos. Em seguida, realizou-se a genotipagem das amostras de DNA extraídas pela técnica de PCR (Polymerase Chain Re­action) em tempo real, sendo utilizado para isso sondas do tipo TaqMan, com intuito de analisar a presença da variante A/T no gene FTO, mais especificamente com relação à presença do polimorfismo rs9939609, em equipamento StepOne Plus (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Os dados obtidos, neste estudo, foram analisados usando o programa estatístico SPSS (IBM Corp.IBM SPSS Statistics para Windows, Versão 23.0. NY, EUA). A relação entre os genótipos do polimorfismo rs9939609 e os hábitos alimentares dos escolares foi testada, usando o teste de qui-quadrado, sendo as associações consideradas significativas quando p<0,05. Não foram encontradas quaisquer associações estatisticamente significativas, dentre os parâmetros examinados, com relação aos hábitos alimentares das crianças e adolescentes participantes do estudo e a presença do polimorfismo rs9939609, presente do gene FTO, nas mesmas. Em nosso estudo, a presença do genótipo de risco para o polimorfismo rs9939609, presente no gene FTO, não está relacionada com os hábitos alimentares dos escolares avaliados. Sendo assim, sugere-se a realização de outros estudos que avaliem outros fatores que possam influenciar nos hábitos alimentares dos escolares em questão.