O HPV é um vírus DNA da família Papillomaviridadae, com mais de 120 tipos reconhecidos atualmente, dos quais 30 podem infectar o trato genital. O vírus é capaz de infectar o epitélio de seres humanos, podendo persistir de forma assintomática ou causar neoplasias. Aproximadamente 291 milhões de mulheres no mundo são portadoras do HPV, sendo que 32% estão infectadas pelos subtipos 16 ou 18 considerados de alto risco oncogênico e associados principalmente ao câncer cervical. Na última década, vários estudos têm apontado o aumento significativo da incidência de infecções por HPV genital e, atualmente, estima-se que cerca de 75% das mulheres sexualmente ativas serão infectadas em qualquer momento em sua vida. O diagnóstico inicial é realizado através do exame de papanicolau, porém devido às suas limitações, as técnicas da biologia molecular são consideradas mais sensíveis e garantem um diagnóstico mais preciso, bem como a identificação do DNA viral pela reação da polimerase em cadeia (PCR). A PCR, por sua vez baseia-se na amplificação específica dos seguimentos do DNA-alvo e tem potencial para a detecção de níveis muito baixos de carga viral em células e tecidos, sendo altamente sensível no diagnóstico molecular do HPV. Objetivou-se analisar a prevalência de HPV pela técnica PCR em mulheres que realizaram o exame de Papanicolau no ambulatório de ginecologia do Hospital Santa Cruz (HSC), na cidade de Santa Cruz do Sul. Foi realizado um estudo transversal com mulheres que realizaram a coleta de Papanicolau no ambulatório de ginecologia do HSC, no período de março a junho de 2017. Após elas assinarem o Termo de Consentimento Informado e Esclarecido (TCLE), responderam um questionário clínico-epidemiológico com informações como: idade, estado civil, escolaridade, raça, quantos parceiro durante a vida, número de filhos e tabagismo. O material clínico cervical coletado pelos médicos foi encaminhado ao Centro de Pesquisa e Treinamento em Biotecnologia da UNISC. As amostras foram extraídas seguindo o protocolo de digestão enzimática com proteinase K conforme Mahoney et al. Em seguida, a análise foi realizada por meio de uma reação de PCR convencional multiplex, utilizando os primers da beta-globina humana (ß2) e os primers consenso MY09/11. Posteriormente, a visualização foi realizada por meio de eletroforese em gel de agarose. Logo, realizou-se a genotipagem em PCR convencional para o HPV 16 em todas aquelas amostras que amplificaram positivo para o vírus. A fim de calcular a prevalência e obter os resultados estatísticos, utilizou-se o software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS), versão 21. A amostragem foi composta por 35 pacientes entrevistadas quanto ao seus hábitos e fatores de risco do HPV. A média de idade das participantes foi de 38,9 (±12,78), com mediana de 1 gestação. Quanto ao tabagismo 25,7% eram tabagistas. A idade média da primeira relação sexual foi de 16,4 (±2,2), e 3,1 foi a média de parceiros. Observou-se que das 35 pacientes analisadas, 14 foram positivas para HPV, sendo 9 para o HPV 16. Não foram observadas diferenças significativas entre as mulheres de acordo com o resultado da PCR positiva para HPV. A prevalência de HPV nas mulheres atendidas no ambulatório do HSC foi alta, representando um total de 40%, na qual o HPV 16 correspondeu a 64% das amostras positivas. Estudos futuros serão necessários para detectar e analisar também a prevalência do HPV 18.