A prevalência de sobrepeso/obesidade aumenta progressivamente, sendo caracterizada como multifatorial e preocupante pelo fato de ser responsável por desencadear diversas comorbidades. O tecido adiposo secreta diversos fatores biologicamente ativos, dentre estes as adipocinas, que têm um importante papel no estudo de associação genômica de Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) com a obesidade. Entre estas adipocinas, estão a FNDC5 que é secretada durante a contração muscular esquelética e media alguns benefícios para a saúde por meio do “escurecimento” do tecido adiposo branco, e a RBP4 que está associada à adiposidade, hipertensão arterial e resistência à insulina. Em função disso, o presente estudo teve como objetivo avaliar a possível associação entre sobrepeso, obesidade e perfil bioquímico com os SNPs nos genes FNDC5 (rs16835198) e RBP4 (rs3758539). Amostra foi composta por 496 escolares, com idades entre sete e 17 anos, do município de Santa Cruz do Sul/RS. Para a genotipagem, foi extraído DNA pelo método de Salting out e em seguida realizou-se reação de qPCR no aparelho StepOne Plus® (Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA). Além das variáveis genéticas, verificou-se sexo, faixa etária, etnia/cor, Índice de Massa Corporal (IMC), Circunferência da Cintura (CC), Percentual de Gordura (%G), variáveis bioquímicas como Colesterol Total (CT), Colesterol LDL (c-LDL), Colesterol HDL (c-HDL), Triacilgliceróis (TAG), glicose, Pressão Arterial Sistólica (PAS) e Pressão Arterial Diastólica (PAD). Os dados foram analisados no programa estatístico SPSS v.20, por estatística descritiva, além de serem testados o equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) e a normalidade por Kolmogorov-Smirnov. Foram utilizados os testes de ANOVA e Kruskal-Wallis. A população do estudo é composta por 56,3% do sexo feminino com idade mediana de 12 anos (IIQ: 10-14). Observou-se que 36,5% da amostra apresentava excesso de peso, sendo que 72,4% destes apresentaram %G elevado e 56,4% CC elevada. A PAS foi elevada em 13,7% dos escolares eutróficos, e em 32,0% dos escolares com excesso de peso (p<0,01). Quanto a PAD, 10,8% dos eutróficos apresentaram níveis elevados, e entre os que apresentaram excesso de peso, a pressão foi alterada em 23,2% (p<0,01). Com relação à frequência genotípica e alélica dos escolares, no SNP FNDC5 o genótipo mais frequente foi GT (45,8%) seguido do GG (41,5%) e o alelo mais frequente foi o G (64,42%). E no SNP RBP4, o genótipo mais frequente foi CC (70,2%) e alelo mais frequente foi o C (83,26%). Com relação às medidas antropométricas e perfil bioquímico dos escolares, observou-se que os portadores do genótipo GG do SNP FNDC5 rs16835198 apresentaram maior mediana de PAS, 70,0 (IIQ: 60,0-70,0) e PAD, 110,0 (IIQ: 100,0-120,0), sendo p=0,058 e p=0,050, respectivamente. Já os portadores do genótipo TT do SNP RBP4 rs3758539 apresentaram maior média de c-LDL (100,36±32,36) e os portadores do genótipo CT apresentaram maior mediana de CC, 67,0 cm (IIQ: 60,2-77,0) em relação aos outros genótipos, sendo p=0,044 e p=0,046, respectivamente. Através desse estudo, foi possível observar elevada prevalência de excesso de peso nos escolares avaliados. Observou-se também que o genótipo TT do SNP RBP4 rs3758539 mostrou uma relação com maior risco para níveis elevados de c-LDL, sugerindo uma predisposição para aterosclerose, e a associação do genótipo GG do SNP FNDC5 rs16835198 com aumento da PAD.