As amebas de vida livre (AVL) são protozoários unicelulares distribuídos amplamente em ambientes tanto naturais como artificiais. Podem ser encontradas abundantemente em variados habitats, como água doce, água salgada, lentes de contato, etc. Podem permanecer viáveis por vários anos em todos os tipos de ambientes, inclusive hospitalares, sendo capazes de ocasionarem vários tipos de infecções, esperando apenas o momento oportuno para realizarem a lise e proliferação. Entretanto, algumas bactérias podem ser resistentes à fagocitose, podendo até mesmo se multiplicar dentro da AVL, o que representa um grande risco para a saúde pública. Mesmo com frequente exposição da população às amebas de vida livre, não são relatados maiores danos à saúde, mas elas podem causar ceratite, uma infecção oportunista do sistema nervoso central. Aplicar a técnica de FISH (hibridação fluorescente in situ) para identificar a presença de formas viáveis e potencialmente patogênicas de endossimbiontes em Acanthamoeba sp.  Foram coletadas 74 amostras de poeira de ar condicionado obtidas entre dezembro de 2015 a março de 2016. O local de coleta foi a UTI pediátrica do Hospital Santa Cruz em Santa Cruz do Sul/RS, onde estas foram semeadas em placas de Petry contendo ágar não nutriente com suspensão de Escherichia coli inativadas pelo calor e incubadas a 37ºC, onde se realizou verificação diária do crescimento amebiano em microscópio óptico, e então foi realizado o repique e clonagem das amebas. Placas onde não se obteve crescimento foram descartadas. As amebas isoladas foram identificadas morfologicamente seguindo os critérios de Page (1988). Testes de termo e osmotolerância foram realizados para identificar o potencial patogênico das amebas de vida livre isoladas das amostras. Para identificar a presença de endossimbiontes de amebas de vida livre, foi empregada a técnica de FISH, pois, por ser um método molecular permite a visualização, identificação e localização de micro-organismos in situ em microscópios óticos fluorescentes.  Destas amostras, 18% são consideradas altamente patogênicas, pois apresentaram crescimento nos testes de termo e osmotolerância. A positividade para a presença de amebas de vida livre nas amostras coletadas foi de 67,56%. O gênero Acanthamoeba foi sugestivamente o predominante em todas as amostras. Através da técnica de FISH observou-se a prevalência de endossimbiontes de amebas de vida livre em 70% das amostras analisadas.  É possível concluir que houve presença de endossimbiontes de Acanthamoeba utilizando a técnica de FISH.