Dentre os problemas de saúde atuais, as infecções geniturinárias são bastante frequentes sendo que a candidíase está em destaque, devido ao aumento de sua prevalência na população em geral. A candidíase é uma infecção causada pelo crescimento excessivo da levedura comensal Candida sp., principalmente na mucosa oral, e em mulheres, na mucosa vaginal. Quando ocorre um enfraquecimento do sistema imune do hospedeiro, como nos casos de pacientes oncológicos, HIV positivos, aidéticos e aqueles que requerem terapia com imunossupressores, diferentes patógenos oportunistas podem se desenvolver, destacando-se entre eles a levedura Candidas sp. Cerca de 80 a 90 % destas leveduras causadoras de infecções são da espécie Candida albicans e de 10 a 20% são do tipo não-albicans, predominando C. tropicalis, C. glabrata, C. krusei, C. parapsilosis. A sintomatologia é semelhante entre elas, ocorrendo coceira intensa, vermelhidão e inchaço, presença de placas esbranquiçadas, corrimento esbranquiçado com grumos, dor ou queimação ao urinar e durante o contato íntimo. A identificação do agente causal em nível de espécie é importante porque mecanismos de resistência a antifúngicos são diferentes entre elas. Uma das formas para rapidamente identificar estas espécies é a utilização da reação em cadeia da polimerase (PCR), porém este método requer uma extração de DNA do patógeno de boa qualidade. Isso pode permitir a sua utilização diretamente no DNA extraído da amostra de secreção vaginal, sem necessidade de cultivo prévio para a identificação do microrganismo. Dessa forma, o presente trabalho objetivou comparar dois métodos de extração do DNA leveduriforme obtidos diretamente de fluido de secreção genital. Para tanto, escolhemos dois métodos distintos de extração de DNA: um baseado na utilização do detergente catiônico CTAB + clorofórmio/álcool isoamílico (24:1), adaptado de Goltapeh et. al. (2007) e outro desenvolvido pelos autores, baseado na utilização de Proteinase K + NaCl. Foram avaliadas a quantidade de DNA total obtido e a qualidade pela relação 260/280 nm por espectrofotometria. Ambos os métodos foram usados para extrair o DNA de 18 amostras de secreção vaginal coletadas no Serviço Integrado de Saúde (SIS) da Universidade de Santa Cruz do Sul (UNISC) das quais 9 apresentaram crescimento de leveduras do tipo Candida sp. e 9 não. As amostras foram também submetidas a PCR para confirmar o seu potencial de amplificação. O método que utilizou CTAB + clorofórmio/álcool isoamílico (24:1) apresentou uma quantidade média de 10,1±23,6 ng/mL e apresentou uma relação 260/280 nm = 2,61±2,68, enquanto que o método de Proteinase K + NaCl apresentou um rendimento médio 25,1±54,4 e uma relação 260/280 nm = 1,80±0,07. As amostras de DNA extraídas por ambos métodos foram submetidas a PCR com primers específicos para a região ITS do gene ribossomal 18S. Os produtos amplificados foram submetidos a eletroforese em gel de agarose e visualizados sob luz ultravioleta com auxílio de transiluminador. Ambos os métodos apresentaram amplificação, embora a intensidade de visualização das bandas apresentasse diferenças entre eles. Pode-se concluir que o método baseado na utilização de Proteínase K + NaCl é mais eficiente, pois além de um rendimento maior na extração de DNA, apresentou uma relação 260/280 nm dentro dos valores desejáveis pela literatura (1,8 a 2,0) o que sugere um DNA extraído de boa qualidade e apto a ser utilizado para a PCR, bem como sequenciamento de DNA.