Além de hábitos alimentares e atividades físicas propícias, os aspectos genéticos também são importantes para avaliar a propensão à obesidade. O gene fat mass and obesity associated (FTO) é conhecido por provável associação com a obesidade e apresenta, entre seus 2.348 SNPs (polimorfismos de nucleotídeo simples), o rs9939609, que está localizado no intron 1 deste gene. É constituído por alelos A (relacionado a maiores riscos de desenvolver obesidade, especialmente quando manifestado em forma homozigota (AA) e T (alelo protetor). Estudos recentes sustentam a ideia de que estas variantes do gene FTO tem influência sobre os hábitos alimentares e saciedade. Objetivou-se verificar se existe diferença no padrão do consumo alimentar de escolares portadores do genótipo de risco para obesidade (AA), em comparação aos escolares portadores dos genótipos TT e AT. Utilizou-se como método estudo transversal, realizado com 152 adolescentes de 6 e 17 anos, estudantes de escolas públicas e privadas de Santa Cruz do Sul-RS. A extração do DNA para identificação do polimorfismo rs9939609 foi realizado a partir do método salting-out. Em seguida, a técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction) em tempo real foi utilizada para determinação alélica, por meio de sondas TaqMan, no equipamento StepOne Plus (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Os genótipos foram avaliados considerando o modelo dominante (AT e AA, agrupados) e recessivo (somente AA). O padrão de consumo alimentar baseou-se nas respostas dos alunos a respeito de seus hábitos alimentares, por meio de um questionário. A avaliação se baseou no consumo semanal dos seguintes alimentos: frutas, suco de frutas, verduras/legumes, batatas, carne bovina, feijão com arroz, refrigerante, salgados fritos e doces. As análises estatísticas foram realizadas no software SPSS 23.0. Dados descritivos foram expressos em frequência absoluta e relativa. Aplicou-se a análise de Regressão de Poisson, considerando os hábitos alimentares como variáveis dependentes (frequência de consumo: nunca/infrequente ou regular/frequente) e o polimorfismo rs9939609 como variável independente. Os dados foram expressos em razão de prevalência (RP) e intervalo de confiança (IC) para 95%. Os modelos foram ajustados para sexo, cor da pele, nível socioeconômico e índice de massa corporal. A presença do genótipo de risco foi evidenciada em 11,8% dos escolares. Observou-se elevado consumo regular/frequente de refrigerante (67,8%), salgadinhos fritos (51,3%) e doces (57,8%). No entanto, a frequência semanal de consumo de alimentos não apresentou associação com os genótipos do polimorfismo rs9939609 do gene FTO, tanto no modelo dominante quanto no modelo recessivo. Concluiu-se que não há relação entre o padrão de consumo alimentar de escolares portadores do genótipo de risco para obesidade (AA), em relação aos escolares portadores dos genótipos TT e AT. Observou-se elevada frequência de consumo de alimentos com alto teor calórico.