Testes ecotoxicológicos e genotoxicológicos são importantes ferramentas para o monitoramento da qualidade dos mais variados efluentes, visto sua capacidade de detectar potenciais substâncias prejudiciais aos organismos vivos. Testes ecotoxicológicos detectam alterações capazes de causar efeitos sobre a vitalidade e viabilidade do organismo-teste, enquanto testes genotóxicos, como o Ensaio Cometa (EC), permitem avaliar danos no DNA passíveis de reparo e que não afetam tais alterações, destacando o microcrustáceo Daphnia magna como organismo-teste para a avaliação de xenobiontes em amostras ambientais. Desta forma, o presente trabalho objetivou avaliar a eficiência de remoção de nutrientes e matéria orgânica de efluentes domésticos de um sistema integrado de tratamento que utiliza algas e wetlands construídos (SAC’s), acoplados ao sistema convencional de tratamento de efluentes da estação de tratamento de esgoto da Universidade de Santa Cruz do Sul, RS. A avaliação foi feita utilizando o Ensaio Cometa (EC). Para a realização dos ensaios, neonatos de D. magna foram cultivados conforme a norma técnica brasileira ABNT nº 12713/2004, e submetidos ao teste de exposição aguda com 20 indivíduos por amostra. Sempre que o teste de ecotoxicidade enquadrou a amostra como não tóxica (sobrevivência de no mínimo 80%), aplicou-se o EC, sendo que todos os testes foram realizados em quintuplicata. O material passou para uma solução de lise por 1 hora e posteriormente por eletroforese (0,7V/cm; 300mA) de 20 min em tampão alcalino (pH>12), sendo posteriormente neutralizadas, fixadas e então coradas a base de nitrato de prata, e analisadas em microscopia óptica, onde se contaram 100 nucleóides por lâmina, totalizando 500 nucleóides por amostra. Calcularam-se a Frequência de Dano (FD) e o Índice de Dano (ID), ambos comparados a um controle negativo (CN) de água reconstituída. Os valores de FD e ID foram estandardizados em relação à respectiva média do Controle. As diferenças estatísticas foram estabelecidas utilizando a prova não paramétrica de Mann-Whitney. Trabalhou-se com níveis de significância de 5%. Os resultados indicaram que o ponto P1 (efluente bruto) e o P5 (saída do reator anaeróbico) apresentaram mortalidade de 100% dos organismos nos testes ecotoxicológicos, assim, segundo a NBR 12713, este efluente já é considerado tóxico, não sendo necessário o EC. Nos demais pontos a mortalidade não ultrapassou 20%, condição que permite utilizar o EC para analisar a genotoxicidade. Desta forma, tanto na FD quanto no ID, o ponto P2 (saída da ETE, sem tratamento) apresentou genotoxicidade significativa nos meses de setembro, outubro e novembro (p<0.05), quando comparado ao CN. Já o ponto de coleta P3 (saída do tratamento das Microalgas) e o ponto de coleta P4 (saída dos Wetlands) não apresentaram diferenças significativas (p>0.05) quando comparado ao CN. Concluímos que a técnica do EC com Daphnia magna é uma ferramenta eficaz para a avaliação de efluentes domésticos, destacando que o sistema integrado de microalgas e Wetlands construídos apresentou-se como uma técnica altamente eficiente para tratamento de efluentes domésticos, uma vez que não foi constatada genotoxicidade significativa nas amostras tratadas coletadas nos pontos P3 e P4, comparado às amostras brutas coletadas no Ponto P2.