O objetivo deste estudo foi ter uma compreensão do ecossistema de inovação da região dos Vales sob a ótica dos governos municipais. A Região é composta por 59 municípios, sendo 36 deles localizados no Vale do Taquari e 23 no Vale do Rio Pardo. Foi realizada uma pesquisa descritiva, com aplicação de questionário quali-quanti utilizando a ferramenta Google Forms para enviar a pesquisa, e tabular os resultados. O questionário foi respondido por 62 representantes de 40 municípios, totalizando 67,8% dos municípios da Região dos Vales. A partir das respostas foi possível analisar diversas dimensões importantes para o mapeamento do ecossistema regional de inovação (ERI). Nas áreas portadoras de futuro para a região foram elencados os setores de alimentos, energéticas e/ou ambientais, madeira e móveis, e, saúde. Quanto às percepções sobre cultura empreendedora nos municípios, 43,63% dos respondentes, citaram eventos diversos e voltados ao entretenimento e turismo do município, com menor foco em inovação. Quanto à existência de pessoas que falam sobre empreendedorismo e inovação, 54% dos respondentes indicaram a inexistência de pessoas de referência sobre o tema. Já em relação à existência de espaços abertos e/ou colaborativos no município, 84% declararam a falta desses espaços. No que tange às leis de inovação, foi observado que existem poucas leis específicas para inovação. Este trabalho, portanto, contribui para compreender o ecossistema de inovação da região dos Vales e os direcionadores podem ser utilizados para outros ecossistemas de inovação.