O trabalho objetiva comparar os custos de produção dos Sistemas Agroindustriais Familiares ecológicos e não ecológicas (SAFs), de iniciativas da região Sudoeste do Paraná. Metodologicamente, a pesquisa investigou 12 SAFs ecológicos, no ano de 2020 e, 12 SAFs não ecológicos, no ano de 2021, de diferentes cadeias alimentares. Os resultados evidenciam que os SAFs ecológicos possuem menores custos totais de produção e de consumo intermediário do que os não ecológicos. Além disso, os SAFs ecológicos dividem maiores valores de custos com o pagamento de taxas, salários e impostos com demais atores da sociedade, contribuindo com a movimentação econômica em outros setores e nos processos de desenvolvimento regional. Os SAFs ecológicos praticam uma produção de matérias primas e de alimentos agroindustriais mais sustentáveis, diversificada e com maiores níveis de valor agregado alimentar.