COMPARAÇÃO DAS MÉDIAS DE CARGA VIRAL NAS DIFERENTES VARIANTES IDENTIFICADAS EM PACIENTES DE SANTA CRUZ DO SUL

Resumo

Introdução: COVID-19 é uma doença causada pelo vírus SARS-CoV-2 que configura-se como séria ameaça à saúde global, devido a sua alta transmissibilidade. Pode causar desde infecções assintomáticas até casos sintomáticos graves podendo levar a morte. Quando um vírus está circulando amplamente em uma população e causando muitas infecções, como é o caso do SARS-CoV-2, a probabilidade de sofrer mutações aumenta. Algumas variantes são descritas como variantes de interesse e outras de variantes de preocupação (VOC), pois podem aumentar a transmissibilidade, a gravidade, o desfecho da doença, ineficácia dos imunizantes disponíveis e até evadir aos testes de detecção. Diversas VOC foram identificadas desde o início da pandemia, sendo uma delas identificada pela primeira vez em novembro de 2020 na cidade de Manaus (P1), que recentemente passou a ser chamada de Gama (g). O teste padrão-ouro para a detecção do vírus é a transcrição reversa do RNA seguido da reação em cadeia da polimerase em tempo real (qRT-PCR). Este teste normalmente é utilizado como indicador qualitativo da presença e ausência do RNA viral, contudo é possível obter resultados quantitativos no teste pela utilização de um limiar de detecção, designado como threshold. O ponto em que o threshold cruza com a linha de amplificação da amostra, permite determinar o número de ciclos necessários para o início da amplificação da sequência gênica-alvo presente na amostra. Este valor é denominado Ct (“Cycle Threshold”) e permite a quantificação relativa do DNA de cada uma das amostras, após ser corrigido pelos Ct dos genes-controle endógenos e das amostras-controle. Objetivo: Comparar as médias de Ct de amostras com diferentes variantes identificadas em pacientes de Santa Cruz do Sul. Metodologia: Foram analisadas 26 amostras da rotina de diagnóstico molecular no TecnoUnisc, cujo teste molecular para a detecção do SARS-CoV-2 foi realizado na UNISC e o sequenciamento, para identificar o tipo de variante, foi realizado pela Feevale. A extração de RNA foi realizada com automação utilizando o kit comercial MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit™. Para a RT-PCR, foi utilizado o sistema AGPATH. O sequenciamento ocorreu em uma plataforma Illumina MiSeq usando Miseq Reagent Kit v3 (600 ciclos). Principais resultados: Das 26 amostras analisadas, 19 (73%) apresentaram a linhagem Gama (P1). E quanto ao Ct, foi observado uma média de carga viral de 16,9. A linhagem B.1.1.28 foi observada em duas amostras (7,7%), com uma média de Ct de 16,4. Enquanto a linhagem Beta (B.1.351) foi identificada em uma amostra (3,8%), tendo como média de carga viral 12,7. Conclusão: Diante dos resultados descritos, considerando o número de amostras, conclui-se que a maioria das sequências pertence à linhagem Gama, por ser mais transmissível do que outras linhagens circulantes, apresentou uma alta taxa de transmissibilidade e predominância no município de Santa Cruz do Sul.  As linhagens B.1.1.28 e Beta apresentaram uma baixa frequência e expressaram uma alta taxa de carga viral, ocasionando perigo a população a medida em que o vírus se espalha.