As nascentes constituem importantes fontes naturais de água na superfície terrestre e, em virtude de seu valor inestimável dentro de uma propriedade agrícola, devem receber atenção especial, uma vez que se tem observado inúmeros problemas vinculados a este recurso hídrico. A presente pesquisa objetivou avaliar a qualidade da água das nascentes localizadas na sub-bacia do Arroio Andréas, RS, Brasil, considerando que esta apresenta fundamental importância como manancial para abastecimento de água da cidade de Vera Cruz. Para tanto, aplicou-se o Índice Biológico da Qualidade da Água (IBQA), que utiliza algas diatomáceas epilíticas como organismos bioindicadores da qualidade da água, oferecendo uma resposta integrada quanto aos processos de eutrofização e contaminação orgânica em sistemas lóticos. Desta forma, dez estações de amostragem, localizadas em propriedades rurais do município de Vera Cruz, foram selecionadas. As amostras foram coletadas sazonalmente, entre setembro de 2012 e junho de 2013, de três pedras com cerca de 20 cm e fixadas com formol. Após o tratamento das amostras foram feitas lâminas permanentes utilizando Naphrax como meio de montagem. Realizou-se uma varredura sobre a lâmina até que, no mínimo, 600 valvas fossem contadas e registradas. Até o momento a presente pesquisa possibilitou a identificação de 184 táxons, distribuídos em 42 gêneros, sendo que, destes, 46 táxons foram considerados abundantes. De modo geral, os resultados indicaram que os níveis de poluição da água variaram entre "Moderado" e "Forte". Os maiores níveis de poluição detectados poderiam ser explicados devido ao fato de terem sido identificadas espécies que apresentaram altos percentuais de abundância relativa, com uma alta tolerância à eutrofização e poluição orgânica, como por exemplo Gomphonema parvulum (Kützing) Kützing, espécie característica de condições α±-mesossapróbicas, correspondente a ambientes fortemente poluídos. Estes resultados demonstram que, mesmo apresentando legislação própria para a sua preservação, as nascentes encontram-se sob situação adversa, uma vez que localizadas dentro de propriedades rurais ficam suscetíveis às mais diversas atividades nestes locais desenvolvidas, sofrendo as consequências originadas, principalmente, pela devastação da mata ciliar, assoreamento e demais atividades agrícolas. Desta forma, observa-se a necessidade da implementação de medidas mitigatórias para conter os processos que levam à poluição orgânica e eutrofização das nascentes localizadas nesta sub-bacia.