De forma geral, a avaliação da qualidade da água deve obedecer aos critérios estabelecidos na legislação, mas também deve ser contemplada com a utilização de novas metodologias, como a utilização dos ensaios de ecotoxicidade e genotoxicidade. Daphnia magna é um microcrustáceo planctônico que é muito utilizado como organismo teste para avaliar xenobiontes nos cursos de água, destacando o Ensaio Cometa (EC) que permite avaliar danos no DNA passíveis de reparo e que não alteram a vitalidade e viabilidade do organismo teste e podem ser uma importante ferramenta complementar para avaliar a qualidade da água. Neste contexto, a presente pesquisa objetivou avaliar a qualidade da água de nascentes do arroio Andreas, RS, através do Ensaio Cometa, utilizando D. magna como organismo-teste. Ao todo foram avaliados 20 pontos de nascentes do arroio Andreas, localizados em pequenas propriedades rurais, onde foram coletadas amostras de água. Parâmetros físico-químicos e microbiológicos foram analisados visando avaliar a qualidade da água segundo a resolução nº 357/2005 do CONAMA. Uma parte da amostra foi congelada até a sua utilização nos bioensaios com D. magna. Para a realização do EC, neonatos foram cultivados conforme a norma técnica brasileira 12713, submetidos ao teste de exposição aguda com 10 indivíduos por amostra. Após a exposição, lâminas contendo a pré-cobertura foram expostas à solução de lise por 1 hora e depois submetida à eletroforese (0,7 V/cm; 300 mA) por 20 min em tampão alcalino (pH > 12). Todos os testes foram realizados em quintuplicata. As lâminas foram coradas com nitrato de prata, sendo contados 100 nucleóides por lâmina, um total de 500. A freqüência de dano (FD) e o Índice de dano (ID) foram calculados e comparados a um controle negativo de água reconstituída. A análise estatística foi realizada pelo método de Kruskall-Wallis seguido do teste de Dunn, com α± = 0.01. Em relação à qualidade físico-química e microbiológica da água, 10 pontos de coleta foram enquadrados na Classe 1 do CONAMA (50%), correspondente a uma classe de boa qualidade utilizada, dentre outros usos nobres, para consumo humano após tratamento simplificado, 6 na Classe 2 (30%), 3 na Classe 3 (15%) e 1 na Classe 4 (5%), que corresponde à classe de pior qualidade, utilizada apenas para navegação e harmonia paisagística. Dos 20 pontos amostrados, 4 (P5, P8, P12, P15) apresentaram uma FD significativa e 4 (P2, P5, P8, P12) apresentaram um ID significativo, totalizando 5 pontos (25%) que demonstraram genotoxicidade. Cabe destacar que a genotoxicidade observada não estava associada com as águas de pior qualidade (classes 3 e 4), uma vez que o enquadramento destas amostras nestas classes estava relacionado principalmente com o aumento de coliformes termotolerantes, o que por si só não é um fator genotóxico. Nas águas de classe 2 verificou-se genotoxicidade significativa em 4 amostras (67%), enquanto que nas amostras de classe 1, somente uma (10%), sugerindo que outros parâmetros possam estar associados com o aumento da genotoxicidade. A utilização do EC com D. magna pode ser uma importante ferramenta para complementar as análises físico-químicas e microbiológicas na avaliação da qualidade da água, uma vez que detecta alterações mesmo em águas consideradas como de boa qualidade.