A obesidade é um grave pro­blema de saúde individual e pública que está relacionada a um baixo grau de inflamação crô­nica, sendo preocupante já na infância por acarretar doenças crônicas, especialmente cardiovasculares na fase adulta. A Proteína C Reativa (PCR) é caracterizada como proteína de fase aguda, sendo considerada um marcador sensível de inflamação e dano tecidual. Em resposta à inflamação a PCR é estimulada por citocinas como a Interleucina-6 (IL-6), que, apesar de ser essencial para a redução de processos inflamatórios agudos, em estados crônicos pode assumir um papel pró-inflamatório, como no caso da obesidade. Para tanto, teve-se por objetivo avaliar a possível relação de polimorfismos de IL-6 e PCR com sobrepeso, obesidade e perfil lipídico em escolares de Santa Cruz do Sul-RS. Foi realizado um estudo transversal com 470 escolares na faixa etária de 7 a 17 anos de idade. A genotipagem dos polimorfismos IL-6 rs2069845G/A, IL-6 rs1800795C/G e PCR-US rs1205C/T foi realizada através de PCR em tempo real, utilizando o sistema Taqman231 no aparelho StepOne Plus^®. A obesidade foi avaliada utilizando o índice de massa corporal (IMC), circunferência da cintura (CC) e percentual de gordura (%G). Os exames bioquímicos foram realizados com kits comerciais DiasSys^TM240e Kovalent^TM, tendo sido medidos os níveis de glicose, colesterol total (CT), LDL-C, HDL-C e triglicerídeos (TG). Foi avaliada, também, pressão arterial sistólica (PAS) e diastólica (PAD). O tratamento estatístico foi realizado no programa SPSS 20.0 por estatística descritiva e análises de regressão logística univariada e multivariada de acordo com sexo e idade para estimar as razões de chances entre os polimorfismos estudados com as características antropométricas, marcadores bioquímicos e pressão arterial. A média de idade dos sujeitos envolvidos na pesquisa foi de 13,13 anos (± 2,99) e a maioria dos escolares avaliados foi do sexo feminino (54%). Observou-se que 15,3% dos escolares apresentaram sobrepeso e 9,8% obesidade. A gordura visceral mensurada pela CC foi elevada em 13,2% dos escolares e o %G foi elevado em 37,2% dos sujeitos. O polimorfismo de um único nucleotídeo (SNP) rs1800795 apresentou frequência de 10,9% do genótipo de risco CC. Em relação ao SNP rs1205 observou-se uma frequência do genótipo de risco TT de 14,9%. Para o SNP rs2069845, a frequência do genótipo de risco GG foi de 11,9%. Análise de regressão logística univariada revelou que sujeitos portadores do genótipo de risco no gene PCR rs1205 apresentaram maior chance de desenvolver hipercolesterolemia (OR = 2,12; 95% IC: 1.28, 3.51; p=0,003), no entanto os polimorfismos estudados da IL-6 não foram estatisticamente significativos frente às variáveis analisadas. Após ajustar o modelo de regressão logística multivariada de acordo com sexo e idade, a análise confirmou a associação do genótipo de risco no rs1205 da PCR com hipercolesterolemia (OR = 2,84; 95% IC: 1.42, 5.68; p=0,003). Além disso, foi possível observar que os sujeitos obesos apresentaram 2,94 vezes mais o genótipo de risco rs2069845 (GG) do gene da IL-6 (p<0,05). Com os dados deste estudo é possível verificar a associação dos SNPs rs1205 do gene da PCR e IL-6 rs2069845 no gene da IL-6 com a obesidade e perfil lipídico, o que pode ser importante para o diagnóstico de complicações relacionadas à obesidade, prevenindo complicações na fase adulta.