O Papilomavírus humano é um vírus DNA do grupo papovavírus, sendo considerada a doença viral sexualmente transmissível mais frequente na população sexualmente ativa. Havendo mais de 120 tipos reconhecidos atualmente, dos quais 30 podem infectar o trato genital quando relacionados a outros meios, faz-se relação ao desenvolvimento das neoplasias intraepiteliais e do câncer invasor do colo uterino, da vulva, da vagina e da região anal. Cerca de 80% das mulheres terão contato com HPV, sendo a maioria com idades entre 20 e 40 anos. O exame de Papanicolau é um método importante para o diagnóstico do HPV, porém, devido as suas limitações, existem outros meios baseados na identificação do DNA. Existem estudos básicos sobre técnicas de extração de DNA e, dependendo da necessidade, é necessário modificações e adaptações nos protocolos, visando uma melhoria na quantidade, qualidade e na viabilidade de amplificação de DNA pela técnica da PCR para poder, assim, obter um diagnóstico mais preciso do HPV. O objetivo de nosso estudo consiste em analisar dois diferentes métodos de extração de DNA de amostras cérvico-vaginais. Já em relação à metodologia, foi realizado um estudo observacional e transversal e as amostras cérvico-vaginais foram obtidas de mulheres que realizaram o exame de Papanicolaou no Serviço Integrado de SaÚde (SIS) da Universidade de Santa Cruz do Sul (UNISC), no período de fevereiro a março de 2015. A coleta foi realizada por ginecologistas ou enfermeiras por raspagem da mucosa cérvico-vaginal, com auxílio da espátula de Ayre ou escovas do tipo cytobrush, sendo armazenadas em tubos contendo solução tampão TE a -20ºC, até realizar a extração de DNA. As amostras foram submetidas a dois protocolos diferentes para padronização de extração de DNA. O primeiro foi utilizando o Kit comercial de extração Wizard Genomic DNA Purification (PROMEGA). Já o segundo protocolo foi o Método de Digestão Enzimática com Proteinase K adaptado a partir do protocolo de Mahonyet al. (1993), sendo esta uma padronização in house com menor custo. Foram extraídos DNA de cinco amostras e, dentre os protocolos testados, o Kit de extração Wizard Genomic DNA Purification não foi eficiente para extrair a quantidade de DNA satisfatório para possibilitar a realização da reação de PCR, gerando uma média de 8,59 ng/µL (DP ± 4,76). O segundo protocolo adaptado de Mahony et al. (1993) obteve uma média de 115,64 ng/µL (DP ± 15,36), gerando resultados mais eficazes e um maior rendimento. Com base nos resultados obtidos, é possível perceber uma significativa diferença entre os dois métodos testados, onde destacou-se o protocolo de Mahony et al. (1993) sendo o com maior eficiência, e que gerou resultados mais satisfatórios para a realização da PCR.