A tuberculose (TB) é uma doença infectocontagiosa causada pelo Mycobacterium tuberculosis, acometendo principalmente os pulmões, mas também outros órgãos. Está entre as principais causas de morte no mundo. Somente no ano de 2017 foram notificados 69.569 novos casos de TB ativa no Brasil. O Rio Grande do Sul (RS) está entre os estados com maior número de casos notificados na população geral, destacando que, no mesmo ano, a incidência entre a População Privada de Liberdade (PPL) foi de 1.500/100.000 habitantes. Esse número é um reflexo da dificuldade ao acesso aos serviços de saúde, celas superpopulosas, mal ventiladas e com pouca iluminação. Neste cenário, a epidemiologia molecular, que surgiu do uso de ferramentas criadas para o estudo da genética populacional em investigações epidemiológicas, é usada como uma alternativa importante para identificar, definir e monitorar estirpes patogênicas. Neste sentido, o objetivo deste estudo foi avaliar o perfil molecular de cepas de M. tuberculosis circulantes em unidades do sistema prisional da região metropolitana de Porto Alegre. Trata-se de um trabalho retrospectivo e transversal, em que foram coletadas amostras de escarro de pacientes sintomáticos respiratórios das instituições penais, no período de 2010 a 2014. As amostras foram submetidas a realização de baciloscopia, cultura e teste de sensibilidade aos antimicrobianos pelo método das proporções, sendo os testes realizados no Laboratório Central do Rio Grande do Sul (LACEN). Para a realização da genotipagem, as cepas foram repicadas em meio de cultura sólido Ogawa-Kudoh e após o crescimento, submetidas a extração do DNA pelo método CTAB/NaCl. A genotipagem foi realizada através da técnica de Mycobacterial Intersperced Repetitive Units-Variable Number of Tandem Repeats (MIRU-VNTR)15-locus e seus dados gerados no site MIRU-VTRplus. Foram coletados dados clínicos e epidemiológicos a partir da base de dados do LACEN e do Sistema Nacional de Agravos de Notificação (SINAN). As variáveis analisadas foram: sexo, idade, escolaridade, desfecho do tratamento, alcoolismo, tabagismo, uso de drogas ilícitas, coinfecção por HIV e instituição penal. As análises descritivas foram realizadas no software SPSS (v.20.0). Um total de 136 cepas foram analisadas, entre as quais, 99,3% dos apenados era homens, com média de idade de 32,17 (±9,846) anos. Destes 43,4% não haviam completado o ensino fundamental, 16,2% eram HIV positivos, 3% eram alcoolistas e 1,5% usavam drogas ilícitas e tinham relação com o tabagismo. Em relação ao desfecho do tratamento, 54,4% tiveram alta por cura e 25% abandonaram o tratamento. Não houveram registros de óbito por consequência da TB. Quanto à genotipagem, 22 (16,2%) casos agruparam-se em 10 clusters, com 2 a 5 isolados por cluster. Nestes estudo, foi observado uma alta diversidade genética, o que é evidenciado pela pouca formação de cluster e pelo reduzido número de isolados em um mesmo cluster. Não foram identificadas características epidemiológicas associadas ao perfil de clusters. Em suma, verificamos uma baixa taxa de transmissão recente intramuros, reforçando a hipótese de reativação endógena e demonstrando que o programa de controle da TB instituído dentro das instituições penais está sendo realizado de forma satisfatória na região metropolitana de Porto Alegre.